Molden 형식으로 작성된 궤도 정보로부터 전자 밀도 계산 / 시각화
Dec 28 2020
나는 공식에 의해 Molden 형식으로 작성된 궤도 정보에서 전자 밀도를 얻으려고합니다. $$ \rho(\mathbf{r}) = \sum_{i}^{occ} |\phi_{i}(\mathbf{r})|^{2}. \tag{1} $$
이 작업을 처리하기위한 후 처리 프로그램이 있습니까?
Molden 파일은 GTO의 계수를 제공하는 것처럼 보이지만 이미 작동하는 예제가 있는지 확인하고 싶기 때문에 직접 스크립트를 만들 수 있다고 생각합니다.
최종 밀도 함수 데이터는 일반적인 시각화 소프트웨어 (예 : Molden, VMD 등)와 호환되는 형식이 바람직하지만 3D 그리드로 표현하면 시각화 할 수 있다고 생각합니다.
답변
9 GeoffHutchison Dec 28 2020 at 03:26
Molden을 읽고 밀도를 계산할 수있는 cclib 를 강력히 추천 합니다.
많이 사용하지는 않았지만 다음과 같이 할 수 있다고 확신합니다.
- Orbkit
- Horton
의심 할 여지없이 다른 도구가 있습니다. Molden은 양자 화학 교환을위한 꽤 표준 형식입니다.