pheatmap의 cutree_rows 그룹에서 유전자 / 관찰을 가져옵니다.
Dec 17 2020
어떻게에서 생성 된 행 그룹에서 유전자 / 관찰 꺼내 수 cutree_rows = 3
에를 pheatmap
? 것 ?obj$tree_row$...
obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)
다음 과 같이 실행하여 k 평균을 적용하면 유전자 목록을 찾을 수 있음을 보았습니다 . 히트 맵에서 클러스터링을 보존하지만 관찰 횟수를 줄이는 방법이 있습니까?obj$kmeans$cluster
답변
1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06
예를 들어 데이터는 다음과 같습니다.
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

cutree 마 :
cl = cutree(obj$tree_row,3)
ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)
ann
cl
g1 1
g2 2
g3 1
g4 2
g5 3
g6 1
g7 2
g8 1
g9 1
g10 2
g11 3
g12 2
g13 2
g14 1
g15 2
g16 2
g17 1
g18 3
g19 3
g20 2
올바른지 확인하기 위해 다시 플롯합니다.
pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)
