pheatmap의 cutree_rows 그룹에서 유전자 / 관찰을 가져옵니다.

Dec 17 2020

어떻게에서 생성 된 행 그룹에서 유전자 / 관찰 꺼내 수 cutree_rows = 3에를 pheatmap? 것 ?obj$tree_row$...

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

다음 과 같이 실행하여 k 평균을 적용하면 유전자 목록을 찾을 수 있음을 보았습니다 . 히트 맵에서 클러스터링을 보존하지만 관찰 횟수를 줄이는 방법이 있습니까?obj$kmeans$cluster

답변

1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06

예를 들어 데이터는 다음과 같습니다.

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

cutree 마 :

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

올바른지 확인하기 위해 다시 플롯합니다.

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)