Расчет / визуализация электронной плотности по орбитальной информации, записанной в формате Молдена

Dec 28 2020

Я пытаюсь получить плотность электронов из орбитальной информации, записанной в формате Молдена, по формуле, $$ \rho(\mathbf{r}) = \sum_{i}^{occ} |\phi_{i}(\mathbf{r})|^{2}. \tag{1} $$

Есть ли какая-нибудь программа постобработки для выполнения этой работы?

Я считаю, что могу создать сценарий самостоятельно, потому что файл Molden, кажется, предоставляет коэффициенты GTO, но хочу проверить, есть ли уже работающие примеры.

Было бы желательно, чтобы окончательные данные функции плотности были в формате, совместимом с обычным программным обеспечением для визуализации (например, Molden, VMD и т. Д.), Но я думаю, что их можно визуализировать, если они представлены в трехмерной сетке.

Ответы

9 GeoffHutchison Dec 28 2020 at 03:26

Я настоятельно рекомендую cclib, который может читать Molden и рассчитывать плотность.

Хотя я не использовал их так часто, я почти уверен, что вы можете сделать это с помощью:

  • Орбкит
  • Horton

Несомненно, есть и другие инструменты - Molden - довольно стандартный формат для квантово-химического обмена.