이 오류가 발생한 적이 있습니까?-Newick 문자열의 왼쪽 및 오른쪽 괄호 수가 R에서 같지 않음

Question

위의 오류는 트리를 읽으려고 할 때 발생합니다. tree <- read.tree(paste0(table_dir,'tree.19.08.tre'))오류를 재현하려고 시도했지만 다른 트리 ( iris예 : 예제 데이터 세트에서는 완벽하게 작동 함)를 사용했습니다. 트리는 write.tree(tree, file='C:/Users/J/Desktop/proj/d/t/tree.19.08.tre',append = FALSE). tree프로그램 FigTree (자바 스크립트 기반)에서 볼 수 있습니다 . 조금 이상해 보이지만 R에서 열 수없는 이유는 무엇입니까?
어떤 제안?

그것은 tree도움이 될 경우를 대비하여 figtree 의 컷 아웃입니다 .)

이것이 전체 오류입니다.

Fehler in FUN(X[[i]], ...) : numbers of left and right parentheses in Newick string not equal
3.
FUN(X[[i]], ...)
2.
lapply(STRING, .treeBuild)
1.
read.tree(paste0(table_dir, "tree.19.08.tre"))

Answer 1

동료로부터받은 트리를로드 할 때 똑같은 오류가 발생합니다. 하지만 나는 그것을 사용하여로드 할 수 있었다tree <- DECIPHER::ReadDendrogram(treeFileName)

Answer 2

나는 똑같은 문제가 있었고 DECIPHER둘 중 하나를 로드 할 수 없었지만 다음과 phytools같이 만들었습니다 .

library(phytools)
tree = read.newick(treeFileName)

로드 된 phylo객체를 탐색하면서 나는 나무가 정확하지 않다는 것을 깨달았습니다. 그 이유는 나무의 잎이 세미콜론이라는 이름에 포함되어 있기 때문입니다.

d__ 박테리아; p__ 프로 테오 박테리아; c__ 감마 프로 테오 박테리아

문제는 세미콜론이 트리의 끝을 newick 형식으로 표시한다는 것입니다 . 세미콜론을 다른 기호로 간단히 변환합니다.

d__ 박테리아 | p__ 프로 테오 박테리아 | c__ 감마 프로 테오 박테리아

문제를 해결했습니다.