r Formula modello misto - aiuto! (modificato)

Question

Sto lottando con la definizione della mia formula di modello misto e mi piacerebbe un aiuto. Questo è un dato di espressione genica in cui voglio vedere se ogni gene può prevedere la risposta - e sto confrontando il modello misto e il modello lineare, per vedere se la rimozione dell'effetto della variabile Cluster cambia il risultato.

La mia variabile dipendente è Risposta - è una variabile continua. I miei predittori sono:

• Espressione genica (continua)
• Participant.ID (personaggio) - 52 individui
• Punto temporale (continuo) - Sebbene questa sia una variabile continua, i valori sono -7,0,1,7 o 70. Ho tra 3-5 punti temporali per soggetto. Il motivo per cui ho scelto di renderlo continuo e non un fattore è perché descrive il tempo.
• Variabile cluster (fattore) - una variabile che descrive una certa caratteristica di un individuo. Può essere una delle 3 opzioni.

Ho usato una formula in lme4: Response ~ gene + TimePoint + Subject + (1|Random)

ma sento che questo potrebbe essere sbagliato visto che ogni soggetto ha diversi punti temporali, quindi forse dovrei annidare "punto temporale studio" sotto "soggetto" (?) Mi piacerebbe qualche input

Modifica: dopo un po 'di lettura forse devo rimuovere il punto temporale dello studio perché non ha alcun significato tra gli individui? Ho provato la seguente formula:

Response ~ gene + (1|Cluster) + (1|Cluster:Participant.ID) ma ha ricevuto il seguente errore: Error in eval_f(x, ...) : Downdated VtV is not positive definite

Ho provato anche questa formula:

Response ~ gene + (1|Cluster:Participant.ID)e questo: Response ~ gene + (1|Cluster) + (1|Participant.ID)ma ho ricevuto questo errore:Warning message: In optwrap(optimizer, devfun, getStart(start, rho$pp), lower = rho$lower, : convergence code -4 from nloptwrap

Answer 1

Dalla descrizione aggiornata:

• hai ripetute misure all'interno Subjecte hai 52 soggetti. Non ha senso adattarlo come effetto fisso. Dovrebbe essere una variabile di raggruppamento nella struttura casuale.

• Randomè "una variabile che descrive una certa caratteristica di un individuo. Può essere una delle 3 opzioni". In quanto tale, non ha senso averla come variabile di raggruppamento nella struttura casuale. Dovrebbe essere un effetto fisso.

• Non vedo alcun motivo per cui TimePointdovrebbe essere annidato all'internoSubject

Quindi un modello appropriato sarebbe:

Response ~ gene + TimePoint + Random + (1 | Subject)

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Modifica, ora che l'OP è stato modificato in modo che Randomsia stato rinominato in Clustered Subjectè stato rinominatoParticipant.ID

Il modello appropriato sarebbe:

Response ~ gene + TimePoint + Cluster + (1 | Participant.ID)