R: Tibble vs ggplot2 (tracciare grafici)
Sto cercando di seguire un tutorial in R (https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/Il computer che utilizzo per lavoro non dispone di una porta USB o di una connessione Internet - ha solo R con alcune librerie installate. Il mio computer di lavoro ha "survival, ranger, ggplot2 e dplyr". Tuttavia, non ha "ggfortify". Sto cercando di capire come tracciare i grafici dal tutorial senza 'ggfortify'. Ecco il codice che sto usando di seguito:
#load libraries
library(survival)
library(ranger)
library(ggplot2)
library(dplyr)
#load data
data(veteran)
head(veteran)
#Part 1 : works
# Kaplan Meier Survival Curve
km <- with(veteran, Surv(time, status))
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=veteran)
#plot(km_fit, xlab="Days", main = 'Kaplan Meyer Plot') #base graphics is always ready
tibble(time = km_fit$time, surv = km_fit$surv,
min = km_fit$lower, max = km_fit$upper) %>%
ggplot(aes(x = time)) +
geom_line(aes(y = surv)) +
geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)
Tuttavia, non riesco a farlo funzionare:
#Part 2: does not work
km_trt_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran)
tibble(time = km_trt_fit$time, surv = km_trt_fit$surv,
min = km_trt_fit$lower, max = km_trt_fit$upper) %>%
ggplot(aes(x = time, group = factor(veteran$trt), colour = factor(veteran$trt), fill = factor(veteran$trt))) +
geom_line(aes(y = surv)) +
geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)
Error: Aesthetics must be either length 1 or the same as the data (114): group, colour and fill
O questo per funzionare:
#Parte 3: non funziona
vet <- mutate(veteran, AG = ifelse((age < 60), "LT60", "OV60"),
AG = factor(AG),
trt = factor(trt,labels=c("standard","test")),
prior = factor(prior,labels=c("N0","Yes")))
aa_fit <-aareg(Surv(time, status) ~ trt + celltype +
karno + diagtime + age + prior ,
data = vet)
tibble(time = aa_fit$time, surv = aa_fit$surv, min = aa_fit$lower, max = aa_fit$upper) %>%
ggplot(aes(x = time)) +
geom_line(aes(y = surv)) +
geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)
Error: geom_line requires the following missing aesthetics: y
Qualcuno può aiutarmi a correggerli?
Grazie (Messaggio precedente: R: tracciare grafici (ggplot vs autoplot) )
Risposte
Dovrai fare un po 'di lavoro da detective!
Ho tempo per la parte # 2 oggi. Quindi: si scopre che le informazioni sugli strati sono contenute nell'elemento km_trt_fit$strata. Assomiglia a questo:
km_trt_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ trt, data=veteran)
km_trt_fit$strata
#> trt=1 trt=2
#> 61 53
Questo ti sta dicendo che ci sono 61 elementi di trt=1e 53 elementi di trt=2. Non so perché questi non si sommano a 137 (il numero di righe in veteran) ma presumo che sia proprio come survfit()funziona. È anche il motivo per cui ricevi l'errore, perché i dati del modello risultante hanno un numero di righe diverso rispetto al frame di dati originale, che stai tentando di includere utilizzando veteran$trt.
La mia soluzione: crea un vettore stratacon 61 e 53 elementi di trt=1e trt=2rispettivamente:
strata = km_trt_fit$strata
strata = rep(names(strata), times = strata)
Includilo nei tuoi dati di input:
tibble(time = km_trt_fit$time, surv = km_trt_fit$surv,
min = km_trt_fit$lower, max = km_trt_fit$upper,
trt = factor(strata)) %>%
ggplot(aes(x = time, colour = trt, fill = trt)) +
geom_line(aes(y = surv)) +
geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)
Il risultato è abbastanza vicino a quello che ha il tutorial.
Non ho molta familiarità con ggfortify ma il suo compito è probabilmente quello di fare qualcosa di simile per te automaticamente. In sua assenza, dovrai indagare sulle strutture prodotte dalle funzioni del modello ed estrarre i dati manualmente come ho fatto sopra.