R: plotagem de gráficos (ggplot vs autoplot)
Estou seguindo um tutorial R aqui https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/
O computador que utilizo para o trabalho não tem acesso à Internet nem porta USB - tem apenas R com algumas bibliotecas pré-instaladas. O tutorial requer "sobrevivência", "ggplot2", "ranger", "dplyr" e "ggfortify". O computador que uso para trabalhar tem todas essas bibliotecas, EXCETO ggfortfiy. Aparentemente, uma função chamada "autoplot" é necessária da biblioteca ggfortify para fazer alguns dos gráficos neste tutorial.
Quando tento executar o código do tutorial:
#load libraries
library(survival)
library(ranger)
library(ggplot2)
library(dplyr)
#load data
data(veteran)
head(veteran)
# Kaplan Meier Survival Curve
km <- with(veteran, Surv(time, status))
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=veteran)
#plot(km_fit, xlab="Days", main = 'Kaplan Meyer Plot') #base graphics is always ready
#here is where the error is
autoplot(km_fit)
Eu obtenho o seguinte erro: Error: Objects of type survfit not supported by autoplot.
Alguém sabe como consertar isso? É possível fazer plotagens semelhantes sem a biblioteca ggfortify? Pode ser feito apenas com ggplot2?
No meu computador pessoal, posso fazer este gráfico depois de instalar a biblioteca ggfortify.
(nota: eu também não tenho a biblioteca "sobrevivente")
obrigado
Respostas
Sim, isso é possível, porque a autoplot
função usa ggplot2
sob o capô:
tibble(time = km_fit$time, surv = km_fit$surv,
min = km_fit$lower, max = km_fit$upper) %>%
ggplot(aes(x = time)) +
geom_line(aes(y = surv)) +
geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)