Diferansiyel Gen İfade Analizinden Sonra Isı Haritalarında Toplu Etkinin Kaldırılması
Her grubun ilk kopyasının bir grup olduğu ve ikinci kopyanın ikinci bir partide olduğu bir veri kümesi üzerinde çalışıyorum. PCA
Grafiği kontrol ettikten ve removeBatchEffect
PC1'deki batch etkisini gördükten sonra, sayım verilerimden parti etkisini çıkarmak için limma işlevini kullandım . Sonra, PCA kullanmak bana görünürde herhangi bir toplu etkisi kalmamış gibi görünen bir arsa veriyor! Bununla birlikte, diferansiyel gen analizi için parti efekti düzeltmesinin kullanılmaması, ancak grup değişkeninin yapılandırılmasında grup değişkeni ile birlikte kullanılması tavsiye edilir model.matrix
. Bu yüzden yaptım, koştumlimma/voom
normalleştirilmiş sayımlarda ve farklı şekilde ifade edilen genlerin çıkarılması. Bununla birlikte, DEG'lerden bir ısı haritası yapmaya çalışırken, aynı numunenin kopyalarının kümelenmesini görmek yerine, farklı partilerden alınan numunelerin ayrı ayrı kümelendiğini görüyorum. Öyleyse sorum, removeBatchEffect
DEG'lerden gelen sayım verilerini kullanıp sonra ısı haritaları için dönüştürülmüş veri kümesini kullanmalı mıyım yoksa bunu düzeltmenin başka bir yolu var mı?
Yanıtlar
DE analizi için, orijinal sayımları değiştirmekten kaçınmak için formüle partinin dahil edilmesi gerektiği gerçekten doğrudur. Yine de, ısı haritalarının kullanımı gibi diğer her şey removeBatchEffects
için mükemmel ve (en azından benim için) standart ve kabul gören bir prosedür. Aşağı akışta kullandığınız sayımların toplu etkisini düzeltmek için ne kullandığınız önemli değildir. Sonuçlar muhtemelen benzer olacaktır. Combat-Seq
sva paketinden, ComBat'ın özellikle RNA-sekansı için (anladığım kadarıyla) verilerin tamsayı-sayım doğasıyla daha iyi ilgilenen yeni bir uyarlaması var. Bu, ham sayımlar üzerinde çalışır ve hem limma
ve hem de zaman zaman meydana gelen kötü şöhretli negatif değerleri önler Combat
. ComBat-Seq
Ham sayımlarınızı uyguladıktan sonra , bunları her zamanki gibi edgeR (veya istediğiniz herhangi bir araç) ile normalleştirebilir ve ardından ısı haritalarını oluşturabilirsiniz. Görmekhttps://github.com/zhangyuqing/ComBat-seq. DE sonuçları yine de yukarıda tartışıldığı gibi ortak değişken olarak parti ile normal DE boru hattından gelmelidir.