GWAS MAC filtresi Yorumlama
Bir GWAS analizi yapıyorum ve küçük alel sayım filtresinin etkisini anlamaya çalışıyorum.% 1'e filtreyi ayarlamak bana bu grafiği verdi ve ~ 3.8 civarındaki aynı -log10 p değerleri hakkında kafam karıştı ki bu garip bir model (birçok nokta) aynı değere sahip tek satırda).
Filtreyi% 6'ya yükseltirsem, bir satırdaki noktalar kaybolur ancak bazı önemli SNP'leri de kaybederim:
Örnekler yaklaşık 77000 SNP pozisyonudur (arpa), GWAS'tan girilmemiş (tüm NaN'ler kaldırılmıştır). GWAS, 200 fenotip numunesi ile gerçekleştirildi.
Bir çizgideki noktalar nasıl yorumlanır?
Yanıtlar
Bu, bazı örnekler için genotipleme başarısız gibi görünüyor. Genotipleme verilerinin kalite açısından kontrol edilip edilmediği operasyondan belli değil, ancak örnek QC yapılmasını tavsiye ederim.
Bir yan not olarak: isnat edilen snp'lere sahip insan gwa'larında, önemli snp'lerin bir yapay olmadığının bir işareti olarak önemli snps kümelerini görmeyi beklerdim. Operasyonda bazı tek önemli noktalar var. Bu, bu önemli snp'lerin yapay olduğunun bir işareti olabilir. Kümeler oluşturan ve bu nedenle daha umut verici görünen bazı snp'ler de vardır.