Pheatmap'te cutree_rows gruplarından genleri / gözlemleri çıkarın

Dec 17 2020

Nasıl oluşturulan satır gruplarından genler / gözlemleri çekip çıkarabilir cutree_rows = 3içinde pheatmap? olur mu?obj$tree_row$...

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Buradaki gibi çalıştırarak k ortalamasını uygularsanız, gen listesini bulabileceğinizi gördüm . Bir ısı haritasında kümelenmeyi korumanın ancak gözlem sayısını azaltmanın bir yolu var mı?obj$kmeans$cluster

Yanıtlar

1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06

Tekrar cutree yapabilirsiniz, bu nedenle örneğin veriler şu şekildedir:

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Cutree yap:

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

Doğru olduğunu görmek için bunu tekrar planlıyoruz.

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)