Pheatmap'te cutree_rows gruplarından genleri / gözlemleri çıkarın
Dec 17 2020
Nasıl oluşturulan satır gruplarından genler / gözlemleri çekip çıkarabilir cutree_rows = 3
içinde pheatmap
? olur mu?obj$tree_row$...
obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)
Buradaki gibi çalıştırarak k ortalamasını uygularsanız, gen listesini bulabileceğinizi gördüm . Bir ısı haritasında kümelenmeyi korumanın ancak gözlem sayısını azaltmanın bir yolu var mı?obj$kmeans$cluster
Yanıtlar
1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06
Tekrar cutree yapabilirsiniz, bu nedenle örneğin veriler şu şekildedir:
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Cutree yap:
cl = cutree(obj$tree_row,3)
ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)
ann
cl
g1 1
g2 2
g3 1
g4 2
g5 3
g6 1
g7 2
g8 1
g9 1
g10 2
g11 3
g12 2
g13 2
g14 1
g15 2
g16 2
g17 1
g18 3
g19 3
g20 2
Doğru olduğunu görmek için bunu tekrar planlıyoruz.
pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)

Gene Simmons, KISS Çizgi Romanlarının Potansiyel Olarak "İnsanlığı Yeniden Yaratabileceğini" Söyledi
Nicole Kidman, Michael Keaton ve Val Kilmer'in Batman Olarak Paylaştığı Bu 1 Çekici Özelliğe Bayıldı
Kevin Jonas'ın Kızı Alena, Doğum Günü Fotoğrafında Büyümüş Görünüyor: '9 Yaşında Gerçek Hissetmiyor'