Molden formatında yazılmış yörünge bilgilerinden elektronik yoğunluğu hesaplama / görselleştirme

Question

Formül ile Molden formatında yazılan yörünge bilgisinden elektron yoğunluğu elde etmeye çalışıyorum, $$ \rho(\mathbf{r}) = \sum_{i}^{occ} |\phi_{i}(\mathbf{r})|^{2}. \tag{1} $$

Bu işin üstesinden gelmek için herhangi bir son işlem programı var mı?

Kendi başıma bir komut dosyası oluşturabileceğime inanıyorum, çünkü Molden dosyası GTO katsayılarını sağlıyor gibi görünüyor, ancak halihazırda çalışan örnekler olup olmadığını kontrol etmek istiyorum.

Nihai yoğunluk işlevi verilerinin, olağan görselleştirme yazılımı (Molden, VMD, vb. Gibi) ile uyumlu formatta olması arzu edilir, ancak bir 3D ızgarada temsil edilirse görselleştirilebileceğini düşünüyorum.

Answer 1

Molden okuyabilen ve Yoğunluğu hesaplayabilen cclib'i şiddetle tavsiye ediyorum .

Onları pek kullanmamış olsam da, bunu şununla yapabileceğinizden oldukça eminim:

• Orbkit
• Horton

Şüphesiz başka araçlar da var - Molden, kuantum kimyasal alışverişi için oldukça standart bir formattır.