Wie erhalte ich die gewünschte Ausgabe?

Question

Ich arbeite an einem Projekt mit dem folgenden Befehl nano:

from Bio import SeqIO
import sys
import re 


    fasta_file = (sys.argv[1])
    for myfile in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):
      if len(myfile) > 250:
       gene_id = myfile.id
       mylist = re.match(r"H149xcV_\w+_\w+_\w+", gene_id)
       print (">"+mylist.group(0))   # edited from list to mylist

und seine Bereitstellung mit folgendem Outout:

>H149xcV_Fge342_r3_h2_d1
>H149xcV_bTr423_r3_h2_d1
>H149xcV_kN893_r3_h2_d1
>H149xcV_DNp021_r3_h2_d1
>H149xcV_JEP3324_r3_h2_d1
>H149xcV_SRt424234_r3_h2_d1

Wie kann ich meinen Befehl so ändern, dass er mir das gewünschte Format und nur die EINZIGARTIGEN Gen-IDs liefert :

>H149xcV_Fge342_r3_h2
>H149xcV_bTr423_r3_h2
>H149xcV_kN893_r3_h2
>H149xcV_DNp021_r3_h2
>H149xcV_JEP3324_r3_h2
>H149xcV_SRt424234_r3_h2

Answer 1

seine leicht ersetzen matchmit , subaber bitte mehr verwenden listals Variable ... ist mylist in Ordnung.

Das könnte funktionieren

   mylist = re.sub(r'H149xcV_\w+_\w+_\w+', gene_id)

Andernfalls

myregex = re.compile('_\w+\s+.*') 
fastaid = myregex.sub('', myfile)

ODER von @MaximilianPress

myregex2 = re.compile('_\w+\n') # or myregex2 = re.compile('_\w+$')
fastaid2 = myregex.sub('\n', myfile) # or fasaid2 = myregex.sub('', myfile)

Das obige wird funktionieren ... Wie bei all meinem Code beweise ich es nie ..

Answer 2

from Bio import SeqIO
import sys
import re 

unique = []
fasta_file = (sys.argv[1])
for myfile in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):
    if len(myfile) > 250:
        gene_id = myfile.id
        if gene.id not in unique:
            unique.append(gene.id)
            mylist = re.match(r"H149xcV_\w+_\w+_\w+", gene_id)
            print (">"+mylist.group(0)) 

Lass es mich wissen, wenn es funktioniert, lerne ich auch