Berechnung / Visualisierung der elektronischen Dichte aus Orbitalinformationen im Molden-Format
Ich versuche, eine Elektronendichte aus Orbitalinformationen zu erhalten, die im Molden-Format nach der Formel geschrieben sind: $$ \rho(\mathbf{r}) = \sum_{i}^{occ} |\phi_{i}(\mathbf{r})|^{2}. \tag{1} $$
Gibt es ein Nachbearbeitungsprogramm für diesen Job?
Ich glaube, dass ich selbst ein Skript erstellen kann, da die Molden-Datei GTO-Koeffizienten zu liefern scheint, aber prüfen möchte, ob es bereits funktionierende Beispiele gibt.
Es wäre wünschenswert, dass die endgültigen Dichtefunktionsdaten in dem Format vorliegen, das mit der üblichen Visualisierungssoftware (wie Molden, VMD usw.) kompatibel ist, aber ich denke, dass sie visualisiert werden können, wenn sie in einem 3D-Raster dargestellt werden.
Antworten
Ich empfehle cclib, das Molden lesen und die Dichte berechnen kann.
Obwohl ich sie nicht so oft benutzt habe, bin ich mir ziemlich sicher, dass Sie dies tun können mit:
- Orbkit
- Horton
Es gibt zweifellos andere Werkzeuge - Molden ist ein ziemlich Standardformat für den quantenchemischen Austausch.