Ziehen Sie Gene / Beobachtungen aus cutree_rows-Gruppen in der Pheatmap heraus

Question

Wie können Sie die Gene / Beobachtungen aus den von cutree_rows = 3in generierten Zeilengruppen herausziehen pheatmap? wäre ?obj$tree_row$...

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Ich habe gesehen, dass Sie die Genliste finden können, wenn Sie k Mittel anwenden, indem Sie wie hier laufen. Gibt es eine Möglichkeit, die Clusterbildung in einer Heatmap beizubehalten, aber die Anzahl der Beobachtungen zu verringern?obj$kmeans$cluster

Answer 1

Sie können es einfach noch einmal schneiden, also sind die Daten zum Beispiel wie folgt:

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Mach Cutree:

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

Wir zeichnen dies erneut, um zu sehen, ob es korrekt ist.

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)