pheatmapのcutree_rowsグループから遺伝子/観測値を引き出します
Dec 17 2020
どのようにしてから生成された行グループからの遺伝子/観測引き出すことが可能cutree_rows = 3
ではpheatmap
?だろうか?obj$tree_row$...
obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)
ここのように実行してk平均法を適用すると、遺伝子リストを見つけることができるのを見てきました。ヒートマップでクラスタリングを保持しながら、観測数を減らす方法はありますか?obj$kmeans$cluster
回答
1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06
もう一度cutreeを実行できるので、たとえばデータは次のようになります。
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

カトリーを行う:
cl = cutree(obj$tree_row,3)
ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)
ann
cl
g1 1
g2 2
g3 1
g4 2
g5 3
g6 1
g7 2
g8 1
g9 1
g10 2
g11 3
g12 2
g13 2
g14 1
g15 2
g16 2
g17 1
g18 3
g19 3
g20 2
これをもう一度プロットして、正しいことを確認します。
pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)
