pheatmapのcutree_rowsグループから遺伝子/観測値を引き出します

Dec 17 2020

どのようにしてから生成された行グループからの遺伝子/観測引き出すことが可能cutree_rows = 3ではpheatmap?だろうか?obj$tree_row$...

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

ここのように実行してk平均法を適用すると、遺伝子リストを見つけることができるのを見てきました。ヒートマップでクラスタリングを保持しながら、観測数を減らす方法はありますか?obj$kmeans$cluster

回答

1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06

もう一度cutreeを実行できるので、たとえばデータは次のようになります。

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

カトリーを行う:

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

これをもう一度プロットして、正しいことを確認します。

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)