Filterzeilen, die entweder oder bestimmte Falten haben

Nov 28 2020

Ich lerne immer noch R, ich habe diesen Datensatz , er hat 5 Spalten, die erste Spalte ist tracking_id, die nächsten vier Spalten haben Werte von vier Gruppen.

Ich möchte Zeilen filtern, nachdem ich die letzten drei Spalten ("CD44hi_CD69low_rep", "CD44hi_CD69hi_CD103low_rep", "CD44hi_CD69hi_CD103hi_rep") verglichen habe , die 8-fach höher oder 4-fach niedriger sind als die Spalte ("CD44low_rep").

Wie erreicht man das?

Antworten

1 akrun Nov 28 2020 at 05:10

Wir multiplizieren die Spalte 'CD44low_rep' mit 8 und 4, vergleichen sie dann mit den interessierenden Spalten unter Verwendung von >=und erhalten <=jeweils die zeilenweise Summe der WAHREN Werte mit rowSums, prüfen, ob sie gleich 3 ist (dh die Anzahl der verglichenen Spalten), verwenden &um einen einzelnen logischen Vektor aus beiden Vergleichen zurückzugeben und damit die Zeilen zu unterteilen

nm1 <- c("CD44hi_CD69low_rep",  "CD44hi_CD69hi_CD103low_rep", 
         "CD44hi_CD69hi_CD103hi_rep")
i1 <- (rowSums(df1[nm1]  >= (df1$CD44low_rep * 8)) == 3) & (rowSums(df1[nm1] <= (df1$CD44low_rep * 4)) == 3)

df1[i1,]
# A tibble: 798 x 5
#   tracking_id   CD44low_rep CD44hi_CD69low_rep CD44hi_CD69hi_CD103low_rep CD44hi_CD69hi_CD103hi_rep
#   <chr>               <dbl>              <dbl>                      <dbl>                     <dbl>
# 1 1600014C23Rik           0                  0                          0                         0
# 2 1600019K03Rik           0                  0                          0                         0
# 3 1700006E09Rik           0                  0                          0                         0
# 4 1700010M22Rik           0                  0                          0                         0
# 5 1700011A15Rik           0                  0                          0                         0
# 6 1700016P04Rik           0                  0                          0                         0
# 7 1700018G05Rik           0                  0                          0                         0
# 8 1700019A02Rik           0                  0                          0                         0
# 9 1700024B18Rik           0                  0                          0                         0
#10 1700024G13Rik           0                  0                          0                         0
# … with 788 more rows

Oder dplyrwir verwenden denselben Ausdruck, indem wir die interessierenden Spalten mit durchlaufen across(standardmäßig wird nach allSpalten gesucht).

library(dplyr)
df1 %>%
     filter(across(contains('hi'), ~ (. >= (CD44low_rep * 8)) & 
                (. <= (CD44low_rep * 4))))

-Ausgabe

# A tibble: 798 x 5
#   tracking_id   CD44low_rep CD44hi_CD69low_rep CD44hi_CD69hi_CD103low_rep CD44hi_CD69hi_CD103hi_rep
#   <chr>               <dbl>              <dbl>                      <dbl>                     <dbl>
# 1 1600014C23Rik           0                  0                          0                         0
# 2 1600019K03Rik           0                  0                          0                         0
# 3 1700006E09Rik           0                  0                          0                         0
# 4 1700010M22Rik           0                  0                          0                         0
# 5 1700011A15Rik           0                  0                          0                         0
# 6 1700016P04Rik           0                  0                          0                         0
# 7 1700018G05Rik           0                  0                          0                         0
# 8 1700019A02Rik           0                  0                          0                         0
# 9 1700024B18Rik           0                  0                          0                         0
#10 1700024G13Rik           0                  0                          0                         0
# … with 788 more rows