Fügen Sie auf DESeq2 PCA einen schwarzen Umriss für verschiedene geom_point-Formen hinzu

Question

Ich führe eine PCA mit dem DESeq2-Paket aus und möchte einen schwarzen Umriss der Formen erhalten, die bereits auf einer Beobachtung basieren. Die runden funktionieren, die anderen Formen jedoch nicht.

Beispiele wie Make stat_ellipse {ggplot2} umreißen geom_point Füllfarbe oder Platzieren eines Rahmens um Punkte haben Daten als eine einzige Form dargestellt.

Es ist schwierig, ein reproduzierbares Beispiel zu nennen, da zuvor eine PCA für einen großen Datensatz durchgeführt wurde, aber ich habe Folgendes ausgeführt:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

Ich glaube, der Schlüssel liegt in der Codierung dieser neuen Schicht von geom_point

Laufen scale_fill_manual I get the following

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

Answer 1

Wie in meinem Kommentar erwähnt, verwenden scale_shape_manualund bieten Sie eine fillÄsthetik:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))

Answer 2

Versuche dies:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, shape = location))+   
  geom_point(size=7) + 
  geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location), size=5)