混合モデルの予測をRの線としてプロットする

Question

predict()混合モデルの予測（）を下にプロットして、概念的に望ましいプロットを下の線として取得できるようにしようとしています。

モデルの予測をプロットしようとしましたが、目的のプロットが得られません。predict()希望のプロットを達成できるように定義するためのより良い方法はありますか？

library(lme4)

dat3 <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/dat3.csv')

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(pc1+pc2+discon|id), data=dat3)

newdata <- with(dat3, expand.grid(pc1=unique(pc1), pc2=unique(pc2), discon=unique(discon)))

y <- predict(m4, newdata=newdata, re.form=NA)

plot(newdata$pc1+newdata$pc2, y)

Answer 1

もっとsjPlot。grid1つのプロットで複数の予測子をラップするには、パラメーターを参照してください。

library(lme4)
library(sjPlot)
library(patchwork)

dat3 <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/dat3.csv')

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(pc1+pc2+discon|id), data=dat3) # Does not converge

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(1|id), data=dat3) # Converges

# To remove discon
a <- plot_model(m4,type = 'pred')[[1]]
b <- plot_model(m4,type = 'pred',title = '')[[2]]

a + b 

編集1：フレームワークdropcon内の用語を削除するのに問題がありましたsjPlot。私はあきらめて、に頼りましたpatchwork。ダニエルは正しい方法を知っていると確信しています。

Answer 2

Magnus Nordmoが示唆しているように、これは非常に単純でsjPlotあり、これらのタイプのプロットに対していくつかの事前定義された関数があります。

library(lme4)

dat3 <- read.csv('https://raw.githubusercontent.com/rnorouzian/e/master/dat3.csv')

m4 <- lmer(math~pc1+pc2+discon+(pc1+pc2+discon|id), data=dat3)

plot_model(m4, type = 'pred', terms = c('pc1', 'pc2'),
           ci.lvl = 0)

これにより、次の結果が得られます。

このプロットはterms、pc1との軸上に第2項の異なる分位数を含めるように設計されていますpred。これらのプロットを分割し、を使用patchworkしてそれらを組み合わせることができます。間隔は、の項の後に角括弧を使用して変更できますterms（たとえばpc1 [-10:1]、-10と1の間の間隔）。