apakah Anda pernah mengalami kesalahan ini? -jumlah tanda kurung kiri dan kanan dalam string Newick tidak sama- pohon di R.

Aug 20 2020

Kesalahan di atas terjadi saat mencoba membaca pohon. tree <- read.tree(paste0(table_dir,'tree.19.08.tre'))Saya mencoba mereproduksi kesalahan tetapi dengan pohon lain, misalnya dengan iriscontoh dataset itu bekerja dengan sempurna. Pohon itu dibuat dengan write.tree(tree, file='C:/Users/J/Desktop/proj/d/t/tree.19.08.tre',append = FALSE). Saya dapat melihat di treeprogram FigTree (berbasis javascript). Mungkin terlihat agak aneh tapi mengapa saya tidak bisa membukanya di R?
Ada saran?

Itu adalah potongan treepohon figtree, jika itu membantu;)

Itu adalah kesalahan penuh:

Fehler in FUN(X[[i]], ...) : numbers of left and right parentheses in Newick string not equal
3.
FUN(X[[i]], ...)
2.
lapply(STRING, .treeBuild)
1.
read.tree(paste0(table_dir, "tree.19.08.tre"))

Jawaban

NickFankhauser Sep 06 2020 at 06:53

Saya mendapat kesalahan yang persis sama saat memuat pohon yang saya dapatkan dari rekan kerja. Tapi saya bisa memuatnya menggunakantree <- DECIPHER::ReadDendrogram(treeFileName)

AlfPascu Nov 26 2020 at 07:42

Saya memiliki masalah yang sama dan saya juga tidak dapat memuatnya DECIPHER, tetapi saya membuatnya dengan phytools:

library(phytools)
tree = read.newick(treeFileName)

Menjelajahi phyloobjek yang dimuat saya menyadari bahwa pohon itu tidak benar, alasannya adalah daun pohon yang terdapat pada nama titik koma, karena merupakan costumary dalam beberapa format taksonomi, misalnya

d__Bakteri; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria

dan masalahnya adalah bahwa titik koma menunjukkan akhir dari pohon dalam format newick . Cukup ubah titik koma menjadi simbol lain, mis

d__Bacteria | p__Proteobacteria | c__Gammaproteobacteria

memecahkan masalah.