apakah Anda pernah mengalami kesalahan ini? -jumlah tanda kurung kiri dan kanan dalam string Newick tidak sama- pohon di R.
Kesalahan di atas terjadi saat mencoba membaca pohon. tree <- read.tree(paste0(table_dir,'tree.19.08.tre'))
Saya mencoba mereproduksi kesalahan tetapi dengan pohon lain, misalnya dengan iris
contoh dataset itu bekerja dengan sempurna. Pohon itu dibuat dengan write.tree(tree, file='C:/Users/J/Desktop/proj/d/t/tree.19.08.tre',append = FALSE)
. Saya dapat melihat di tree
program FigTree (berbasis javascript). Mungkin terlihat agak aneh tapi mengapa saya tidak bisa membukanya di R?
Ada saran?
Itu adalah potongan tree
pohon figtree, jika itu membantu;)

Itu adalah kesalahan penuh:
Fehler in FUN(X[[i]], ...) : numbers of left and right parentheses in Newick string not equal
3.
FUN(X[[i]], ...)
2.
lapply(STRING, .treeBuild)
1.
read.tree(paste0(table_dir, "tree.19.08.tre"))
Jawaban
Saya mendapat kesalahan yang persis sama saat memuat pohon yang saya dapatkan dari rekan kerja. Tapi saya bisa memuatnya menggunakantree <- DECIPHER::ReadDendrogram(treeFileName)
Saya memiliki masalah yang sama dan saya juga tidak dapat memuatnya DECIPHER
, tetapi saya membuatnya dengan phytools
:
library(phytools)
tree = read.newick(treeFileName)
Menjelajahi phylo
objek yang dimuat saya menyadari bahwa pohon itu tidak benar, alasannya adalah daun pohon yang terdapat pada nama titik koma, karena merupakan costumary dalam beberapa format taksonomi, misalnya
d__Bakteri; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria
dan masalahnya adalah bahwa titik koma menunjukkan akhir dari pohon dalam format newick . Cukup ubah titik koma menjadi simbol lain, mis
d__Bacteria | p__Proteobacteria | c__Gammaproteobacteria
memecahkan masalah.