model matriks tidak peringkat penuh: Ini adalah pertanyaan klasik yang dihadapi ahli biologi tanpa pemahaman yang jelas tentang desain model
Melihat biostar jawaban ini . Mencoba membuat metadata saya seperti itu tetapi tetap saja
"Error in checkFullRank(modelMatrix) : "
Ini coldata saya
dput(coldata)
structure(list(Group = structure(c(2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 1L,
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L,
6L, 6L, 6L, 6L), .Label = c("HSC", "Blast", "CMP", "GMP", "LSC",
"Mono"), class = "factor"), Mutation = structure(c(10L, 4L, 3L,
5L, 2L, 3L, 9L, 11L, 1L, 1L, 7L, 7L, 10L, 7L, 8L, 2L, 10L, 10L,
10L, 10L, 2L, 2L, 7L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L,
6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 2L, 2L, 5L, 2L,
9L, 1L, 1L, 8L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L), .Label = c("DNMT3A-R882H",
"FLT3-ITD", "IDH2-R140Q", "KRAS-G13D", "MAU2-Q98H", "No", "NPM1-L287ins(TCTG)",
"NRAS-G13D", "STAG2-R614", "TET2-E1357", "TET2-R550"), class = "factor"),
Satus = structure(c(2L, 5L, 4L, 6L, 3L, 4L, 9L, 10L, 1L,
1L, 7L, 7L, 2L, 7L, 8L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 7L, 16L,
16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L,
16L, 16L, 17L, 17L, 17L, 17L, 17L, 17L, 17L, 12L, 12L, 13L,
12L, 9L, 11L, 11L, 14L, 15L, 15L, 15L, 15L, 15L, 15L), .Label = c("Blast-DNMT3A-R882H",
"Blast-E1357", "Blast-FLT-ITD", "Blast-IDH2-R140Q", "Blast-KRAS-G13D",
"Blast-MAU2-Q98H", "Blast-NPM1-L287ins(TCTG)", "Blast-NRAS-G13D",
"Blast-STAG2-R614", "Blast-TET2-R550", "LSC-FLT-DNMT3A-R882H",
"LSC-FLT-ITD", "LSC-MAU2-Q98H", "LSC-NRAS-G13D", "Mature-Normal",
"Progenitor-Normal", "Stem-Normal"), class = "factor")), row.names = c("Blast1",
"Blast10", "Blast11", "Blast12", "Blast13", "Blast14", "Blast15",
"Blast16", "Blast17", "Blast18", "Blast19", "Blast20", "Blast2",
"Blast21", "Blast22", "Blast23", "Blast3", "Blast4", "Blast5",
"Blast6", "Blast7", "Blast8", "Blast9", "CMP1", "CMP2", "CMP3",
"CMP4", "CMP5", "CMP6", "CMP7", "CMP8", "GMP1", "GMP2", "GMP3",
"GMP4", "GMP5", "GMP6", "GMP7", "HSC1", "HSC2", "HSC3", "HSC4",
"HSC5", "HSC6", "HSC7", "LSC1", "LSC2", "LSC3", "LSC4", "LSC5",
"LSC6", "LSC7", "LSC8", "Mono1", "Mono2", "Mono3", "Mono4", "Mono5",
"Mono6"), class = "data.frame")
dds <- DESeqDataSetFromMatrix(countData=df2, colData=coldata, design= ~ Group + Mutation)
Ini adalah desain yang saya coba gabungkan. Apa yang saya dapatkan adalah desain saya bersarang di salah satu kolom dengan melihat banyak contoh.
Apa yang ingin saya lakukan adalah mencoba menjalankan tes LRT pada kumpulan data ini yang berfungsi dengan baik jika saya memberikan " Group" sebagai desain saya dan kemudian saya menjalankannya
dds_lrt <- DESeq(dds, test="LRT", reduced = ~ 1)
yang memberi saya kesulitan yang diekspresikan di berbagai kelompok. Sekarang ada dua pertanyaan
- Apakah mungkin untuk menyertakan interaksi seperti dalam kasus saya
Group+Mutationdan melakukan tes lrt? - Ataukah hal di atas secara konseptual salah untuk dilakukan?
Jawaban
> table(doldat$Group, coldat$Mutation)
DNMT3A-R882H FLT3-ITD IDH2-R140Q KRAS-G13D MAU2-Q98H No NPM1-L287ins(TCTG) NRAS-G13D STAG2-R614 TET2-E1357 TET2-R550
HSC 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0
Blast 2 4 2 1 1 0 4 1 1 6 1
CMP 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0
GMP 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0
LSC 2 3 0 0 1 0 0 1 1 0 0
Mono 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0
Lihatlah tabel ini, Anda melihat dengan jelas bagaimana beberapa mutasi bersarang dengan Grup. Jika Anda ingin memasukkannya, Anda perlu membuat subset eksperimen menjadi beberapa proses terpisah, bergantung pada pertanyaan yang ingin Anda jawab.