GWASMACフィルターの解釈

Question

私はGWAS分析を実行しており、マイナーアレルカウントフィルターの影響を理解しようとしています。フィルターを1％に設定すると、このプロットが得られ、約3.8付近の同じ-log10 p値について混乱し、奇妙なパターン（多くのドット）を示します。同じ値の1行で）。

フィルタを6％に増やすと、線のドットは消えますが、いくつかの重要なSNPも失われます。

サンプルは約77000のSNP位置（大麦）であり、GWASから入力されていません（すべてのNaNが削除されています）。GWASは200の表現型サンプルで実行されました。

線の点をどのように解釈しますか？

Answer 1

これは、一部のサンプルでジェノタイピングが失敗したようです。ジェノタイピングデータが品質のために管理されているかどうかはopからは不明ですが、サンプルQCを実行することをお勧めします。

ちなみに、帰属されたsnpsを持つ人間のgwaでは、重要なsnpsのクラスターは、重要なsnpsがアーティファクトではないことの兆候として見られると思います。手術では、いくつかの重要なsnpsがあります。これは、これらの重要なsnpsがアーティファクトであることを示している可能性があります。クラスターを形成するため、より有望に見えるいくつかのsnpsもあります。