Tarik gen / observasi dari grup cutree_rows di pheatmap
Bagaimana Anda dapat menarik gen / pengamatan dari kelompok baris yang dihasilkan dari cutree_rows = 3
dalam pheatmap
? akan menjadi ?obj$tree_row$...
obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)
Saya telah melihat Anda dapat menemukan daftar gen jika Anda menerapkan k berarti dengan menjalankan seperti di sini apakah ada cara untuk melestarikan pengelompokan dalam peta panas tetapi mengurangi jumlah pengamatan?obj$kmeans$cluster
Jawaban
1 StupidWolf
Anda tinggal melakukan cutree lagi, jadi misalnya data seperti:
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)
Lakukan cutree:
cl = cutree(obj$tree_row,3)
ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)
ann
cl
g1 1
g2 2
g3 1
g4 2
g5 3
g6 1
g7 2
g8 1
g9 1
g10 2
g11 3
g12 2
g13 2
g14 1
g15 2
g16 2
g17 1
g18 3
g19 3
g20 2
Kami merencanakan ini lagi untuk melihatnya benar,
pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)
Taylor Sheridan Baru Menambahkan 1 Bintang 'Yellowstone' Favoritnya ke Pemeran 'Lawmen: Bass Reeves'