GLIDEでRMSDを計算する方法は？

Question

共結晶化したリガンドと自分のリガンド、および非共結晶化したリガンドとGLIDEとの間のRMSDを計算する必要がありますが、その方法がわかりません。誰かが私にそれを行う方法を説明できますか？よろしくお願いします。

Answer 1

ソフトウェアGLIDEはRMSD計算には使用されません。GLIDEは、小さなリガンド/タンパク質ドッキング（リジッド/リジッドおよびフレキシブル/リジッド）を行うことに専念しています。

RMSDは、他の多くのソフトウェア（これも無料）の中でも、MAESTRO、CHIMERA、VMDインターフェイス（すべて学者は無料）を使用して手動で計算できます。