モルデン形式で書かれた軌道情報から電子密度を計算/視覚化

Dec 28 2020

モルデン形式で次の式で書かれた軌道情報から電子密度を取得しようとしています。 $$ \rho(\mathbf{r}) = \sum_{i}^{occ} |\phi_{i}(\mathbf{r})|^{2}. \tag{1} $$

このジョブを処理するための後処理プログラムはありますか?

モルデンファイルはGTOの係数を提供しているように見えるので、自分でスクリプトを作成できると思いますが、すでに実用的な例があるかどうかを確認したいと思います。

最終的な密度関数データは、通常の可視化ソフトウェア(Molden、VMDなど)と互換性のある形式であることが望ましいですが、3Dグリッドで表現すれば可視化できると思います。

回答

9 GeoffHutchison Dec 28 2020 at 03:26

モルデンを読み取って密度を計算できるcclibを強くお勧めします。

私はそれらをあまり使用していませんが、次の方法でこれを実行できると確信しています。

  • Orbkit
  • ホートン

間違いなく他のツールがあります-モルデンは量子化学交換のためのかなり標準的なフォーマットです。