Set di dati sulle traiettorie del dipeptide alanina

Question

Stavo cercando un set di dati sulle traiettorie del dipeptide alanina. Mi chiedevo se esiste un tale set di dati disponibile o è improbabile che ne trovi uno e dovrei iniziare a eseguire io stesso simulazioni di dinamica molecolare. In tal caso, con quale software sarebbe più facile lavorare per un principiante.

Answer 1

Esistono molti set, a seconda del campo di forza o del metodo (ad esempio, semiempirico, quantistico, ecc.) solvente esplicito o implicito, ecc., ma se stai iniziando, il dipeptide alanina è uno dei tutorial di Amber, che include la produzione di confronto corse e analisi collegate dalla pagina:

http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial0/

Answer 2

Questo collegamento contiene tre simulazioni indipendenti dai seguenti documenti:

• F. Nüske, et al: Markov State Models from short non-Equilibrium Simulations - Analysis and Correction of Estimation Bias, J. Chem. Fis. 146 (2017), 094104.
• C. Wehmeyer e F. Noé: Codificatori automatici ritardati: apprendimento profondo di variabili collettive lente per la cinetica molecolare, J. Chem. Fis. 148 (2018), 241703.