DESeq2PCAのさまざまなgeom_point形状に黒い輪郭を追加します

Nov 24 2020

DESeq2パッケージでPCAを実行していて、すでに観測に基づいている形状の黒い輪郭を取得したいと思います。丸いものは機能しますが、他の形状は機能しません。

[ stat_ellipse {ggplot2}のアウトラインをgeom_pointの塗りつぶしの色にする]や[ポイントの周囲に境界線を配置する]などの例では、データが1つの形状としてプロットされます。

以前に大きなデータセットでPCAを実行したため、再現可能な例を示すのは難しいですが、これは私が以下を実行したものです。

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

重要なのは、その新しいレイヤーのコーディングにあると思います geom_point

ランニング scale_fill_manual I get the following

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

回答

2 KonradRudolph Nov 24 2020 at 23:15

私のコメントで述べたように、を使用しscale_shape_manualfill美的感覚を提供します。

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))

1 Mohanasundaram Nov 24 2020 at 23:10

これを試して:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, shape = location))+   
  geom_point(size=7) + 
  geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location), size=5)