Rでのグラフのフォーマット

Nov 22 2020

Rで作成されたグラフに簡単にアクセスして操作する方法を見つけようとしています。

次のデータから始めれば。グラフを作成し、グラフクラスタリングを実行してから、最初のクラスターをプロットします。

#libraries
 library(igraph)
 library(igraphdata)
 data(karate)

#cluster
 cfg <- cluster_fast_greedy(karate)
 plot(cfg, karate)
cfg

IGRAPH clustering fast greedy, groups: 3, mod: 0.43
+ groups:
  $`1` [1] "Actor 9" "Actor 10" "Actor 15" "Actor 16" "Actor 19" "Actor 21" "Actor 23" "Actor 24" "Actor 25" "Actor 26" "Actor 27" [12] "Actor 28" "Actor 29" "Actor 30" "Actor 31" "Actor 32" "Actor 33" "John A" $`2`
   [1] "Mr Hi"    "Actor 2"  "Actor 3"  "Actor 4"  "Actor 8"  "Actor 12" "Actor 13" "Actor 14" "Actor 18" "Actor 20" "Actor 22"
  
  $`3`
  [1] "Actor 5"  "Actor 6"  "Actor 7"  "Actor 11" "Actor 17"
  
#make a plot of the first community
 a = induced_subgraph(karate, cfg[[1]])
 plot(a)

#biggest graph https://stackoverflow.com/questions/15103744/r-igraph-how-to-find-the-largest-community
 x <- which.max(sizes(cfg))
 subg <- induced.subgraph(karate, which(membership(cfg) == x))

ユーザーG5Wは、各クラスターのサイズを含むテーブルを作成する方法を示しました。

 my_table =  table(cfg$membership)

また、すべての観測値を対応するコミュニティに「凝縮」(縮小、縮小)してから、プロットを作成する方法も理解しました。

contracted <- simplify(contract(karate,membership(cfg)))
plot(contracted)

3つのクラスターを接続する2つの「線」があるようです。

この行が「本当に何かを意味する」かどうか誰かが知っていますか?この線は自然に発生していますか?これらの3つのクラスターを接続するこの線はどのような基準でですか?

自分のネットワークデータをシミュレートし、グラフクラスタリングを実行し、クラスターごとに結果を縮小してから、プロットを作成しました

library(igraph)
library(dplyr)
library(visNetwork)

set.seed(1234)

#create file from which to sample from
x5 <- sample(1:10000, 10000, replace=T)
#convert to data frame
x5 = as.data.frame(x5)

#create first file (take a random sample from the created file)
a = sample_n(x5, 9000)
#create second file (take a random sample from the created file)
b = sample_n(x5, 9000)

#combine
c = cbind(a,b)
#create dataframe
c = data.frame(c)
#rename column names
colnames(c) <- c("a","b")

#create graph
graph <- graph.data.frame(c, directed=F)
graph <- simplify(graph)
cfg <- cluster_fast_greedy(graph)

#contract clusters
contracted <- simplify(contract(graph, membership(cfg), vertex.attr.comb=toString))

#visnetwork plot
visIgraph(contracted) %>% visOptions (highlightNearest = TRUE) %>% visIgraphLayout(layout = "layout_with_fr") %>%
    visOptions(highlightNearest = TRUE, nodesIdSelection = TRUE) %>% 
    visInteraction(navigationButtons = TRUE)

#without visnetwork
plot(contracted)

一部のクラスターはまだ相互に接続されており、一部は分離されています。なぜこれなのか誰か知っていますか?

ありがとう

回答

2 G5W Nov 23 2020 at 01:41

各クラスターのサイズを含むテーブルを取得するには、次を使用します。

table(cfg$membership)
 1  2  3 
18 11  5 

この線は、グループ1の一部の人がグループ2の一部の人と話し、グループ3の一部の人がグループ2の人と話しますが、グループ1の誰もグループ3の誰とも話しません。たとえば、Hi氏(グループ2)アクター5(グループ1)およびアクター32(グループ3)と話します。

他の例は接続されていません。複数の連結成分があります。

table(COMP$membership)
   1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11
6196    4    7    5    2    2    2    8    2    1    3

   13   14   15   16  17   18 
    2    2    2    2   2    2

もちろん、縮小されたグラフでは、これらのコンポーネント間のリンクはまだありません。