extraction de fichiers compressés depuis l'extension .gz lors de leur téléchargement depuis le serveur ftp [dupliquer]

Question

J'ai créé une fonction qui télécharge des fichiers .gz à partir d'un serveur ftp donné et je souhaite les extraire à la volée tout en téléchargeant et en supprimant les fichiers compressés par la suite. Comment puis je faire ça?

sinex_domain = "ftp://cddis.gsfc.nasa.gov/gnss/products/bias/2013"

def download(sinex_domain):
    user = getpass.getuser()
    sinex_parse = urlparse(sinex_domain)

    sinex_connetion = FTP(sinex_parse.netloc)
    sinex_connetion.login()
    sinex_connetion.cwd(sinex_parse.path)
    sinex_files = sinex_connetion.nlst()
    sinex_userpath = "C:\\Users\\" + user + "\\DCBviz\\sinex"
    pathlib.Path(sinex_userpath).mkdir(parents=True, exist_ok=True)

    for fileName in sinex_files:
        local_filename = os.path.join(sinex_userpath, fileName)
        file = open(local_filename, 'wb')
        sinex_connetion.retrbinary('RETR '+ fileName, file.write, 1024)
        
        #want to extract files in this loop

        file.close()

    sinex_connetion.quit()

download(sinex_domain)

Answer 1

Bien qu'il existe probablement un moyen plus intelligent qui évite de stocker toutes les données en mémoire pour chaque fichier, ceux-ci semblent être des fichiers assez petits (quelques dizaines de kilo-octets décompressés), il suffirait donc de lire les données compressées dans un BytesIOtampon, puis décompressez-le en mémoire avant de l'écrire dans le fichier de sortie. (Les données compressées ne sont jamais enregistrées sur le disque.)

Vous ajouteriez ces importations:

import gzip
from io import BytesIO

puis votre boucle principale devient:

    for fileName in sinex_files:
        local_filename = os.path.join(sinex_userpath, fileName)
        if local_filename.endswith('.gz'):
            local_filename = local_filename[:-3]
        data = BytesIO()
        sinex_connetion.retrbinary('RETR '+ fileName, data.write, 1024)
        data.seek(0)
        uncompressed = gzip.decompress(data.read())
        with open(local_filename, 'wb') as file:
            file.write(uncompressed)

(Notez que ce file.close()n'est pas nécessaire.)