penutup tahun 2022

2022 telah menjadi tahun yang pahit bagi saya.

Kami telah membuat kemajuan luar biasa dalam pengembangan lanjutan platform penemuan obat komputasi berbasis fisika dan ML kami. Kami telah membangun mesin medan gaya generasi berikutnya dengan akurasi canggih dan cakupan kimia yang komprehensif, kami telah merekayasa ulang program prediksi energi bebas pengikatan yang kuat dan adaptif dengan throughput, ketahanan, dan presisi yang tak tertandingi, kami telah mengembangkan metode baru untuk mengintegrasikan data eksperimen biofisika ke dalam simulasi dinamika molekuler canggih untuk membangun model struktur dan dinamika protein yang realistis, dan kami telah membangun metode dan model untuk aplikasi khusus modalitas untuk memungkinkan desain rasional berbasis struktur dan dinamika dari pengurai protein yang ditargetkan dan untuk membantu penemuan inhibitor kovalen.

Lebih penting lagi, kami telah berhasil menerapkan alat komputasi ini untuk memungkinkan dan secara dramatis mempercepat penemuan obat yang sebenarnya, seperti merancang pengurai aktif baru berdasarkan struktur kompleks terner yang dimodelkan dalam simulasi kami yang sebelumnya tidak teramati tetapi kemudian dikonfirmasi dalam kristalografi, secara akurat memprediksi kemanjuran degradasi obat baru. molekul bifungsional, dan memperkaya persentase desain inhibitor aktif sebanyak 5 kali lipat terhadap target onkologi bernilai tinggi namun menantang.

Kami telah menerbitkan sejumlah makalah yang melaporkan sains yang mendasari platform komputasi kami:

• Penghitungan Energi Bebas Pengikatan yang Tepat untuk Beberapa Molekul Menggunakan Jaringan Pengukuran Perbedaan Berpasangan yang Optimal
• Memprediksi dasar struktural degradasi protein yang ditargetkan dengan mengintegrasikan simulasi dinamika molekuler dengan spektrometri massa struktural
• Pemodelan Pengaruh Kooperativitas dalam Pembentukan Kompleks Ternary dan Degradasi Protein Target yang Dimediasi oleh Degrader Heterobifungsional
• Mengkarakterisasi Fleksibilitas Reseptor untuk Memprediksi Mutasi yang Mengarah pada Adaptasi Influenza Hemagglutinin pada Manusia
• Kenaikan lambat tapi stabil dari perhitungan energi bebas pengikatan dalam penemuan obat

Bagian pahit tahun ini adalah saya berpisah dengan banyak rekan saya yang berbakat dan berdedikasi yang memiliki hasrat yang sama untuk penemuan obat. Saya berharap Anda semua baik-baik saja, teman-teman!

Saya sekarang menantikan kesempatan tahun baru. Sebagai grup independen yang berfokus pada perhitungan (seperti yang saya renungkan dalam posting blog ini ), kami akan membawa platform yang telah mendukung penemuan obat di Silicon Therapeutics dan Roivant Discovery ke lebih banyak proyek penemuan obat di komunitas penemuan obat yang luas, untuk memperkuat nilai platform dan untuk membantu menemukan lebih banyak obat untuk pasien, lebih cepat. Harap tetap disini.

Selamat Tahun Baru dan penelitian bahagia!