Perl subからの文字以外の引数エラーですが、Rで機能します
うまく機能する簡単なRスクリプトがあります。
library(gplots)
A <- c("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog")
B <- c("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat")
png('tmp.png')
venn(list(A=A,B=B))
そして、Statistics :: Rパッケージを使用して、Rで上記のアクションを実行するperlサブルーチンを作成しようとしています。
#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings FATAL => 'all';
use feature 'say';
use autodie ':all';
use Carp 'confess';
use Statistics::R;
my @t1 = ("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog");
my @t2 = ("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat");
my %data = (
A => [@t1],
B => [@t2]
);
sub venn {
my ($args) = @_; unless (defined $args->{output_filestem}) {
confess "venn diagram needs an output filename"
}
if (scalar keys %{ $args->{data} } < 2) { printf("There are %u keys in data.\n", scalar keys %{ $args->{data} });
confess 'There must be >= 2 keys in data.';
}
my $R = Statistics::R->new(); foreach my $key (keys %{ $args->{data} }) { $R -> set("$key", $args->{data}{key});
}
say __LINE__;
if (defined $args->{output_type}) { $R -> run(`$args->{output_type}('$args->{output_stem}.$args->{output_type}')`); } else { # output EPS file is default $args->{output_type} = 'eps';
$R -> run( q`setEPS()`, qq`postscript('$args->{output_filestem}.eps')`,
);
}
my @venn;
foreach my $key (sort keys %{ $args->{data} }) {
push @venn, "$key=$key"
}
my $venn_cmd = 'venn(list(' . join (', ', @venn) . '))'; say $venn_cmd;
$R -> run(q`library(gplots)`); $R -> run(qq`$venn_cmd`); say "wrote $args->{output_filename}";
return $args->{output_filename}
}
venn({
data => \%data,
output_filestem => 'venn'
});
しかし、このPerlスクリプトを実行すると、エラーが発生します。
venn(list(A=A, B=B))
Error:
strsplit(names(map), character(0), fixed = TRUE) :
non-character argument
Calls: venn -> vennMembers -> do.call -> strsplit
Execution halted
Command exited with non-zero status 29
R文字列分割関数(strsplit)の非文字引数にも同様のことがありますが、そこにあるものを自分のケースに適用する方法がわかりません。
たぶんこれはStatistics :: Rのエラーですか?Perlサブの入力はRスクリプトと同じである必要があります。
私が使用しているRコマンドは動作中のRスクリプトと同じであるため、これが原因であるかどうかはわかりません。
Rスクリプトとまったく同じように実行しても、Perlサブが失敗するのはなぜですか?
回答
4 choroba
印章がありません:
$R -> set("$key", $args->{data}{key});
する必要があります
$R -> set("$key", $args->{data}{$key});
# ^
それ以外の場合は、AとBにデータが入力さundef
れ、エラーが発生します。
ところで、"$key"
と同じ$key
です。変数を二重引用符で囲む必要はありません。