การกำหนดความสัมพันธ์กับลูกพี่ลูกน้องขึ้นอยู่กับความสัมพันธ์ซึ่งกันและกันกับลูกพี่ลูกน้องคนอื่น ๆ
พื้นหลัง
ฉันกำลังค้นคว้าเกี่ยวกับลำดับวงศ์ตระกูลบน 23andMe.com พยายามค้นหาลูกพี่ลูกน้องใหม่และกำหนดความสัมพันธ์กับฉัน เว็บไซต์ทั้งหมดให้ฉันคือรายชื่อบุคคลและความสัมพันธ์กับลูกพี่ลูกน้องที่คาดการณ์ไว้กับฉัน (ดาวน์โหลดได้ในรูปแบบไฟล์ CSV) พร้อมด้วยหน้าเว็บที่ฉันสามารถดูรายชื่อญาติทั่วไประหว่างเราและการเปรียบเทียบความสัมพันธ์ที่คาดการณ์ไว้กับพวกเขา (ไม่สามารถดาวน์โหลดได้เช่นในหน้าของบุคคล X จะมีข้อความว่า "บุคคล Y - คุณ: ลูกพี่ลูกน้องคนที่ 2, X: ลูกพี่ลูกน้องคนที่ 3") น่าเสียดายที่ในวัฒนธรรมของฉันในอดีตมี endogamy จำนวนมากอันเนื่องมาจากการเลือกปฏิบัติดังนั้น "ลูกพี่ลูกน้องที่ห่างไกล" อาจหมายถึงญาติคนที่ 10 ขึ้นไปหรือมากกว่านั้นก็ได้ สำหรับวัตถุประสงค์ของฉันฉันใช้มันหมายความว่าไม่เกี่ยวข้อง นี่เป็นสิ่งที่ดีที่สุดที่ฉันสามารถทำได้เนื่องจาก 23andMe ไม่ให้การเข้าถึงชุดข้อมูลที่มีโครงสร้างของญาติทั่วไปทั้งหมดที่เกี่ยวข้องกับบุคคลที่กำหนดดังนั้นจึงลบความเป็นไปได้ในการพิจารณาความเกี่ยวข้องเนื่องจากไม่มีญาติอยู่ในญาติคนอื่น ชุดญาติทั่วไป ดังนั้นถ้าฉันเห็นโปรไฟล์ของคน Z ว่าพวกเขาเป็นลูกพี่ลูกน้องห่าง ๆ กับญาติของฉันหลายคนจากฝั่งพ่อของฉันและพวกเขาเป็นลูกพี่ลูกน้องคนที่ 3 ของคน A ที่ฉันไม่แน่ใจฉันจะให้เหตุผลว่าคนนั้น Z อยู่ข้างแม่ของฉัน เช่นเดียวกับบุคคลก.
ปัญหา
ให้เหตุผลเกี่ยวกับข้อมูลในรูปแบบ "ถ้าคุณเป็นลูกพี่ลูกน้องคนที่ 2 กับ X และอยู่ห่างไกลกับ Y, Z, A และ B และ X คือลูกพี่ลูกน้องลำดับที่ 3 กับ C, อันดับ 4 กับ D และห่างกับ E แล้วบางทีความเชื่อมโยงก็คือ ... "กลายเป็นเรื่องยากเหลือเกินและไม่ได้ให้ผลลัพธ์ที่น่าประทับใจเลย
คำถาม
เป็นไปได้หรือไม่ที่จะกำหนดความสัมพันธ์ระหว่างบุคคลกับลูกพี่ลูกน้องโดยพิจารณาจากความสัมพันธ์ของคุณกับลูกพี่ลูกน้องซึ่งกันและกันกับความสัมพันธ์ของพวกเขากับลูกพี่ลูกน้องซึ่งกันและกันและลูกพี่ลูกน้องกับลูกพี่ลูกน้องคนอื่น ๆ ฯลฯ ? ถ้าเป็นเช่นนั้นเราจะกำหนดความสัมพันธ์ได้อย่างไร?
ถ้ายังไม่ชัดเจนนี่คือตัวอย่างเพื่ออธิบายคำถาม
สมมติว่าฉันกับลูกพี่ลูกน้องคนที่ 3 X ไม่รู้ว่าเราเกี่ยวข้องกันอย่างไร แต่แบ่งลูกพี่ลูกน้อง A: X เป็นลูกพี่ลูกน้องคนที่ 2 กับ A ฉันเป็นลูกพี่ลูกน้องคนที่ 4 กับ A X ยังเป็นลูกพี่ลูกน้องคนที่ 3 กับลูกพี่ลูกน้องที่ใช้ร่วมกัน B และ B เป็นลูกพี่ลูกน้องคนที่ 2 กับ (แชร์) ลูกพี่ลูกน้อง C ที่ฉันรู้จักว่าเป็นลูกพี่ลูกน้องคนที่ 2 ของฉันจากฝั่งพ่อของฉันเป็นต้นโดยทำตามขั้นตอนนี้ให้เพียงพอและบันทึกข้อมูลขณะที่ฉันไปหรือ วาดกราฟบนต้นไม้ฉันสามารถอนุมานได้ว่าเช่นลูกพี่ลูกน้อง X ต้องเป็นลูกพี่ลูกน้องของพ่อกับย่าหรือไม่? เป็นไปได้หรือไม่ ฉันจะทำเช่นนั้นได้อย่างไร?
ความคืบหน้าจนถึงขณะนี้
บางครั้งคุณได้เรียนรู้เพิ่มเติมจากสิ่งที่คุณไม่รู้มากกว่าจากสิ่งที่คุณทำและบ่อยครั้งมันทำให้ทิศทางการวิจัยในอนาคตชัดเจนขึ้นเมื่อคุณเข้าใจสิ่งที่คุณไม่รู้ชัดเจนดังนั้นนี่คือ
อะไรไม่รู้
หลังจากพิจารณาปัญหาอยู่นานข้อสรุปที่ฉันได้ก็คือคำถามสี่ข้อต่อไปนี้เป็นหัวใจสำคัญที่ว่าคำถามนั้นสามารถตอบได้หรือไม่และจะทำอย่างไร (บางทีฉันอาจจะคิดผิดและสิ่งเหล่านี้ไม่ใช่หัวใจของมัน) :
- ฉันจะตรวจสอบได้อย่างไรว่าคนสองคนมาจากปู่ย่าตายายเดียวกันหรือไม่?
- ฉันจะทราบได้อย่างไรว่าแต่ละคนสืบเชื้อสายมาจากปู่ย่าตายายเหล่านั้น (เช่นปู่ของ X และย่าของ Y)?
- ฉันจะติดตามความสัมพันธ์เหล่านั้นได้อย่างไร (สำคัญอย่างยิ่งหากต้องเขียนโปรแกรมเพื่อทำ)
- โดยทั่วไปคุณสามารถระบุได้มากแค่ไหนจากการรับรู้ความสัมพันธ์ของลูกพี่ลูกน้องกับผู้คน? สิ่งเหล่านี้สามารถระบุได้หรือไม่?
สิ่งที่ฉันรู้
สิ่งที่ฉันได้พิจารณาแล้ว:
ระบุ: A คือลูกพี่ลูกน้องลำดับที่ n ของ C และ B คือลูกพี่ลูกน้องที่ n ของ C
- พูดได้อย่างมั่นใจว่า A, B และ C มีความเหมือนกันกับปู่ย่าตายายคนที่ n: A และ B จะต้องเป็นลูกพี่ลูกน้องกันด้วย
แต่ไม่ค่อยเกิดขึ้นดังนั้นกฎนี้จึงไม่ได้นำฉันไปไกลมากนัก นอกจากนี้ยังไม่เป็นประโยชน์เนื่องจากไม่ได้อธิบายวิธีการระบุว่าปู่ย่าตายายทั่วไปมาจากด้านใด
ความน่าเบื่อของการแก้ปัญหาไม่ได้เป็นอุปสรรค
แม้ว่าคำตอบสำหรับคำถามของฉันจะเป็นวิธีการที่เกี่ยวข้องกับการลองผิดลองถูกมากมายความน่าเบื่อ ฯลฯ ตราบใดที่มันเป็นระเบียบแบบแผนอย่างเข้มงวด (ในแง่คณิตศาสตร์) เช่นนั้นก็จะได้ผล 100% ของเวลาที่ทำตาม ในตอนท้ายฉันสามารถสอนมันกับคอมพิวเตอร์และส่งผลลัพธ์เหล่านั้นไปยังโปรแกรมสร้างกราฟที่ทำด้วยมือของฉันโดยเรียกโค้ดสองสามบรรทัดดังนี้:
graph.addEdge("Grandmother #1" ,"Father #1")
graph.addEdge("Grandmother #1", "Father #2")
graph.addEdge("Grandmother #1", "Childless #3")
graph.addEdge("Father #1", "Jimmy")
graph.addEdge("Father #2", "Sally")
graph.addEdge("Jimmy","Son #1")
graph.addEdge("Jimmy","Son #2")
graph.addEdge("Jimmy","Son #3")
นี่คือสิ่งที่บรรทัดข้างต้นสร้างขึ้น:
บางครั้ง "ทำงาน 100%" จะหมายถึงการกำหนดบางสิ่งบางอย่างไม่สามารถกำหนดได้ ไม่เป็นไร. ฉันอยากจะถือว่าแม้ว่าจะมีการอ้างอิงโยงกันมากพอ แต่ก็สามารถหาภาพรวมได้ ฉันคิดว่าโปรแกรมนี้จะมีประโยชน์กับหลาย ๆ คนดังนั้นหากฉันได้รับความช่วยเหลือในการสร้างมันฉันชอบที่จะแจกจ่ายเพื่อให้คนอื่นได้รับประโยชน์จากมัน
PS: ฉันเขียนบางส่วนของ
คำตอบ
ดูเหมือนว่าเครื่องมือWhat Are The Odds ( WATO ) ของDNA Painterอาจช่วยได้ ช่วยให้คุณทราบว่าบุคคลเป้าหมายเกี่ยวข้องกับกลุ่มของคนอื่นที่รู้จักกันอยู่แล้วโดยอาศัย DNA ของพวกเขาอย่างไร คุณสามารถอ่านเพิ่มเติมได้ที่นี่
นอกจากนี้ยังมีเวอร์ชัน 2 ที่อยู่ในรุ่นเบต้า แต่ฉันไม่สามารถพูดถึงคุณสมบัติใหม่ที่มีได้
แม้ว่าต้นไม้ WATO จะได้รับการแนะนำ (รวมถึงฉันด้วย) ว่าเป็นความหวังดีของคุณ แต่ฉันไม่เชื่อว่าแม้ต้นไม้เหล่านั้นจะเพียงพอกับงานที่คุณเสนอ ฉันจะอ้างว่ามันไม่สามารถทำได้อย่างน่าเชื่อถือโดยใช้ข้อมูลการจับคู่ดีเอ็นเอเท่านั้น เมื่อคุณก้าวข้ามความสัมพันธ์ที่ใกล้ชิดของพ่อแม่ / ลูกพี่น้องและอาจจะเป็นลูกพี่ลูกน้องคนแรกแล้วมีความสัมพันธ์ที่เป็นไปได้มากเกินไปที่ใช้ช่วง cM เดียวกันเพื่อแยกความแตกต่างได้อย่างน่าเชื่อถือ
สมมติว่าคุณกำลังสร้างต้นไม้เหมือนในตัวอย่างของคุณจากนั้นทำการเปรียบเทียบแบบคู่ของแต่ละคู่ตัวอย่าง (การเปรียบเทียบ N! / 2) และค้นหาความน่าจะเป็นโดยใช้เครื่องมือ Shared cM (และ btw หากคุณสามารถนำบางสิ่งไปใช้ได้ ที่ทำโดยอัตโนมัติคุณอาจขายได้) เมื่อจำนวนตัวอย่างเพิ่มขึ้นความน่าจะเป็นของข้อผิดพลาดในแผนภูมิโดยรวมจะเพิ่มขึ้นเร็วขึ้นและในขณะที่อาจเป็นไปได้ที่จะระบุผู้สมัครสำหรับตำแหน่งที่ไม่ถูกต้องในแผนภูมิคุณจะไม่มีทางมั่นใจได้ว่าสมมติฐานความน่าจะเป็นสูงสุดของคุณสะท้อนให้เห็นอย่างถูกต้อง เอาลูกพี่ลูกน้องออกหรือลูกครึ่ง (หรือลูกพี่ลูกน้องคู่ - ถ้าอย่างที่คุณพูดมี endogamy มากมายในวัฒนธรรมของคุณแสดงว่าต้องสงสัยการจับคู่ทั้งหมด)
ด้วยเหตุนี้จึงไม่เคยมีการแนะนำลำดับวงศ์ตระกูล DNA เพื่อทดแทนการวิจัย "ทางกระดาษ" แบบเดิม ๆ เพราะอย่างน้อยก็ไม่ใช่ในอนาคตอันใกล้ แม้จะมีเบราว์เซอร์โครโมโซมและการติดตามส่วนต่างๆในตัวอย่างสิ่งที่คุณสามารถพิสูจน์ได้ก็คือใครมีบรรพบุรุษร่วมกันและอาจย้อนกลับไปได้ไกลแค่ไหน
ฉันตระหนักดีว่าเหตุผลของฉันอาจได้รับผลกระทบจากสิ่งที่เพื่อนร่วมงานและฉันเรียกว่า "การพิสูจน์โดยขาดจินตนาการ" (เช่นเดียวกับใน "ฉันนึกไม่ออกว่าจะได้ผลอย่างไร") ดังนั้นหากใครสามารถชี้ให้เห็นข้อบกพร่องที่สำคัญในข้อโต้แย้งของฉัน โปรดทำเช่นนั้น (ช่วยฉันได้มากพอ ๆ กับคนอื่น ๆ )