คุณเคยมีข้อผิดพลาดนี้หรือไม่ - ตัวเลขของวงเล็บซ้ายและขวาในสตริง Newick ไม่เท่ากัน - ต้นไม้ใน R

Aug 20 2020

ข้อผิดพลาดข้างต้นเกิดขึ้นเมื่อพยายามอ่านต้นไม้ tree <- read.tree(paste0(table_dir,'tree.19.08.tre'))ฉันพยายามทำซ้ำข้อผิดพลาด แต่กับต้นไม้อื่น ๆ เช่นกับirisชุดข้อมูลตัวอย่างมันทำงานได้อย่างสมบูรณ์ ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นด้วย write.tree(tree, file='C:/Users/J/Desktop/proj/d/t/tree.19.08.tre',append = FALSE). ฉันสามารถดูtreeในโปรแกรม FigTree (ใช้จาวาสคริปต์) อาจจะดูแปลก ๆ หน่อย แต่ทำไมเปิดใน R ไม่ได้
ข้อเสนอแนะใด ๆ ?

นั่นคือการตัดออกtreeใน figtree เผื่อว่ามันจะช่วยได้;)

นั่นคือข้อผิดพลาดทั้งหมด:

Fehler in FUN(X[[i]], ...) : numbers of left and right parentheses in Newick string not equal
3.
FUN(X[[i]], ...)
2.
lapply(STRING, .treeBuild)
1.
read.tree(paste0(table_dir, "tree.19.08.tre"))

คำตอบ

NickFankhauser Sep 06 2020 at 06:53

ฉันพบข้อผิดพลาดเดียวกันทุกประการเมื่อโหลดต้นไม้ที่ได้รับจากเพื่อนร่วมงาน แต่ฉันสามารถโหลดได้โดยใช้tree <- DECIPHER::ReadDendrogram(treeFileName)

AlfPascu Nov 26 2020 at 07:42

ฉันมีปัญหาเดียวกันและไม่สามารถโหลดได้ด้วยDECIPHERเช่นกัน แต่ฉันทำด้วยphytools:

library(phytools)
tree = read.newick(treeFileName)

การสำรวจphyloวัตถุที่โหลดฉันตระหนักว่าต้นไม้ไม่ถูกต้องสาเหตุที่ใบของต้นไม้มีอยู่ในอัฒภาคของชื่อเนื่องจากเป็นรูปทรงของรูปแบบอนุกรมวิธานเช่น

d__ แบคทีเรีย; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria

และปัญหาก็คือว่าอัฒภาคระบุในตอนท้ายของต้นไม้ในรูปแบบ Newick เพียงแค่เปลี่ยนอัฒภาคเป็นสัญลักษณ์อื่นเช่น

d__ แบคทีเรีย | p__Proteobacteria | c__Gammaproteobacteria

แก้ปัญหา