คุณเคยมีข้อผิดพลาดนี้หรือไม่ - ตัวเลขของวงเล็บซ้ายและขวาในสตริง Newick ไม่เท่ากัน - ต้นไม้ใน R
ข้อผิดพลาดข้างต้นเกิดขึ้นเมื่อพยายามอ่านต้นไม้ tree <- read.tree(paste0(table_dir,'tree.19.08.tre'))
ฉันพยายามทำซ้ำข้อผิดพลาด แต่กับต้นไม้อื่น ๆ เช่นกับiris
ชุดข้อมูลตัวอย่างมันทำงานได้อย่างสมบูรณ์ ต้นไม้ถูกสร้างขึ้นด้วย write.tree(tree, file='C:/Users/J/Desktop/proj/d/t/tree.19.08.tre',append = FALSE)
. ฉันสามารถดูtree
ในโปรแกรม FigTree (ใช้จาวาสคริปต์) อาจจะดูแปลก ๆ หน่อย แต่ทำไมเปิดใน R ไม่ได้
ข้อเสนอแนะใด ๆ ?
นั่นคือการตัดออกtree
ใน figtree เผื่อว่ามันจะช่วยได้;)

นั่นคือข้อผิดพลาดทั้งหมด:
Fehler in FUN(X[[i]], ...) : numbers of left and right parentheses in Newick string not equal
3.
FUN(X[[i]], ...)
2.
lapply(STRING, .treeBuild)
1.
read.tree(paste0(table_dir, "tree.19.08.tre"))
คำตอบ
ฉันพบข้อผิดพลาดเดียวกันทุกประการเมื่อโหลดต้นไม้ที่ได้รับจากเพื่อนร่วมงาน แต่ฉันสามารถโหลดได้โดยใช้tree <- DECIPHER::ReadDendrogram(treeFileName)
ฉันมีปัญหาเดียวกันและไม่สามารถโหลดได้ด้วยDECIPHER
เช่นกัน แต่ฉันทำด้วยphytools
:
library(phytools)
tree = read.newick(treeFileName)
การสำรวจphylo
วัตถุที่โหลดฉันตระหนักว่าต้นไม้ไม่ถูกต้องสาเหตุที่ใบของต้นไม้มีอยู่ในอัฒภาคของชื่อเนื่องจากเป็นรูปทรงของรูปแบบอนุกรมวิธานเช่น
d__ แบคทีเรีย; p__Proteobacteria; c__Gammaproteobacteria
และปัญหาก็คือว่าอัฒภาคระบุในตอนท้ายของต้นไม้ในรูปแบบ Newick เพียงแค่เปลี่ยนอัฒภาคเป็นสัญลักษณ์อื่นเช่น
d__ แบคทีเรีย | p__Proteobacteria | c__Gammaproteobacteria
แก้ปัญหา