Extraire les gènes / observations des groupes cutree_rows dans pheatmap

Dec 17 2020

Comment pouvez-vous extraire les gènes / observations des groupes de lignes générés à partir cutree_rows = 3de pheatmap? serait ?obj$tree_row$...

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

J'ai vu que vous pouvez trouver la liste des gènes si vous appliquez k moyennes en exécutant comme ici, y a-t-il un moyen de préserver le regroupement dans une carte thermique mais de réduire le nombre d'observations?obj$kmeans$cluster

Réponses

1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06

Vous pouvez simplement faire à nouveau cutree dessus, donc par exemple les données sont telles:

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Faites cutree:

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

Nous complotons cela pour voir que c'est correct

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)