Extraire les gènes / observations des groupes cutree_rows dans pheatmap
Dec 17 2020
Comment pouvez-vous extraire les gènes / observations des groupes de lignes générés à partir cutree_rows = 3
de pheatmap
? serait ?obj$tree_row$...
obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)
J'ai vu que vous pouvez trouver la liste des gènes si vous appliquez k moyennes en exécutant comme ici, y a-t-il un moyen de préserver le regroupement dans une carte thermique mais de réduire le nombre d'observations?obj$kmeans$cluster
Réponses
1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06
Vous pouvez simplement faire à nouveau cutree dessus, donc par exemple les données sont telles:
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Faites cutree:
cl = cutree(obj$tree_row,3)
ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)
ann
cl
g1 1
g2 2
g3 1
g4 2
g5 3
g6 1
g7 2
g8 1
g9 1
g10 2
g11 3
g12 2
g13 2
g14 1
g15 2
g16 2
g17 1
g18 3
g19 3
g20 2
Nous complotons cela pour voir que c'est correct
pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)
