Come calcolare RMSD con GLIDE?

Aug 24 2020

Ho bisogno di calcolare l'RMSD tra un ligando co-cristallizzato e i miei ligandi e un ligando non co-cristallizzato con GLIDE ma non so come. Qualcuno potrebbe spiegarmi come fare? Molte grazie in anticipo.

Risposte

3 Camps Aug 25 2020 at 02:10

Il software GLIDE non viene utilizzato per il calcolo RMSD. GLIDE è dedicato a eseguire piccoli docking ligando/proteina (rigido/rigido e flessibile/rigido).

Puoi calcolare l'RMSD a mano, utilizzando le interfacce MAESTRO, CHIMERA e VMD (tutte gratuite per gli accademici) tra molti altri software (anch'essi gratuiti).

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Quali sono gli effetti negativi della pubertà (salute mentale, ecc.)?

Sono un tredicenne depresso e voglio vedere un dottore per questo, ma ho paura di farlo e che i miei genitori lo spazzeranno via solo come i miei ormoni e cose del genere. Cosa dovrei fare?

Quali sono le abilità di vita necessarie che posso padroneggiare in questa estate di 3 mesi? Ho 17 anni.

È una buona idea iniziare la terapia ormonale sostitutiva a 18 anni (transgender)?

Ho 16 anni e ne compio 17 il mese prossimo. Come faccio a rivolgermi a un terapeuta se mia madre pensa che non ne abbia bisogno?

Qual è la cosa più utile che posso fare a 14 anni?

Quali sono i pro ei contro della pubertà?

Sono una studentessa universitaria di 21 anni. Cosa posso fare ora che cambierà la mia vita per sempre?

Quali farmaci possono cambiare un maschio in una femmina senza intervento chirurgico?

Come posso ottenere la terapia ormonale sostitutiva senza dire che voglio la terapia ormonale sostitutiva?

Ho 30 anni. Cosa posso fare ora che cambierà la mia vita per sempre?

Qual è il modo migliore per passare naturalmente da maschio a femmina?

Compio 17 anni tra un mese e ho pensato che non mi sento molto diverso dall'avere 11 anni, è normale? Cambierò davvero quando invecchierò?

Va bene che ho 13 anni ma sono ancora un ragazzino nel cuore?

Qual è la cosa più importante che un adolescente di 14 anni dovrebbe tenere a mente?

Puoi iniziare gli ormoni MTF HRT a 13 anni?

Lo spironolattone è dannoso per la terapia ormonale sostitutiva?

Perché non ho mai visto una persona transgender da femmina a maschio?

Ho 17 anni, cosa devo fare per acquisire maggiori conoscenze?

Cosa dovrebbe succedere se non attraversi mai la pubertà?

Ho 19 anni. Sto ancora attraversando la pubertà?

Ho 23 anni. Cosa posso fare ora che cambierà la mia vita per sempre?

Cosa può fare un quattordicenne per rendere la propria vita migliore/più facile?

Ho appena compiuto 17 anni, cosa faccio ora per garantirmi la vita migliore?

Qual è l'età migliore per iniziare la transizione da femmina a maschio?

Come posso cambiare la mia vita a 17 anni?

Ho 14 anni che consiglio vorresti darmi che sarà utile per il resto della mia vita?

Ho 19 anni e sono figlio unico. Mi deprimo e mi preoccupo per qualcosa che accade ai miei genitori perché sono tutto ciò che ho. Non ho amici e non ho potuto farne nessuno con la pandemia. Ho paura di essere solo, cosa posso fare per aiutare me stesso?

Domani compio 16 anni. Che consiglio specifico puoi dare a un ragazzo di 16 anni?

18 anni è una buona età per iniziare il passaggio a MTF?

Come faccio a prendere una visita dal medico senza i miei genitori e senza che loro sappiano il motivo per cui vado? Ho 15 anni.

Ho 13 anni, transgender (ftm) e frequento un terapista da alcuni mesi. Come posso dirle che sono transgender e farle consigliare di fare coming out?

Secondo te, qual è il passaggio di genere più difficile, da femmina a maschio (FtM) o da maschio a femmina (MtF)?

Come inizio il mio passaggio da maschio a femmina? Sono sempre stata una ragazza dentro. Cosa devo fare?

Come faccio a vivere la vita al meglio a 19 anni?

Vale la pena la chirurgia del fondo per una transizione da maschio a femmina?

A 13 anni, come posso risparmiare e immagazzinare denaro senza che i miei genitori lo sappiano?

Tutti attraversano la pubertà?

Quali cambiamenti si verificheranno se vai in terapia ormonale sostitutiva alle 13?

Sto passando da femmina a maschio. Quale dovrebbe essere il mio nuovo nome?

Come posso fermare la pubertà senza bloccanti della pubertà?

Se voglio scoprire per iniziare un trattamento per il cambio di genere, che tipo di medico devo visitare?

La terapia ormonale sostitutiva è consigliata per gli adolescenti transgender?

Ho 17 anni e ho intenzione di andare in terapia ormonale sostitutiva quando mi laureerò quest'anno a 18 anni. Fino ad allora cosa potevo fare per sentirmi più femminile?

Durante il passaggio di genere da maschio a femmina, come ci si sente a crescere il seno?

Sono ancora transgender (FTM) se ho iniziato a mostrare segni solo quando ho raggiunto la pubertà?

Transgender: Qual è stata la parte più difficile della tua transizione da maschio a femmina?

Che cos'è una NullPointerException e come si risolve?

Come creare un ottimo esempio riproducibile con R.

Come restituisco la risposta da una chiamata asincrona?

RegEx corrisponde ai tag aperti ad eccezione dei tag XHTML autonomi

Lancio il risultato di malloc?

Riferimento: cosa significa questa regex?

Come evitare di utilizzare Seleziona in Excel VBA

La funzione di posta elettronica PHP non completa l'invio dell'e-mail

Perché la mia variabile rimane inalterata dopo averla modificata all'interno di una funzione? - Riferimento al codice asincrono

UTF-8 fino in fondo

Perché "using namespace std;" considerata una cattiva pratica?

Perché i modelli possono essere implementati solo nel file di intestazione?

mysqli_fetch_assoc () prevede errori di parametro / chiamata a una funzione membro bind_param (). Come ottenere l'effettivo errore di mysql e risolverlo?

Come realizzare buoni esempi di panda riproducibili

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Purtroppo MyApp si è fermata. Come posso risolvere questo?

Chiedere un input all'utente fino a quando non fornisce una risposta valida

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