Por que MetaBat2?

Eu admito que, na maioria das vezes, é uma escolha bastante subjetiva - alguns binners funcionam bem em alguns conjuntos de dados e outros em outros. Com base na minha experiência, o MetaBat2 tem sido consistente na produção de lixeiras de alta qualidade e é o lixeiro mais rápido disponível (entre os populares, pelo menos) no momento em que escrevo isso. Você também pode, no entanto, tentar CONCOCT, Maxbin2 ou VAMB e ver como funciona para o seu conjunto de dados. O procedimento não varia muito e eles são bastante fáceis de executar.

- Você tem seus contigs montados prontos (se não, vá aqui)

- Você tem uma ideia básica do que é 'binning' (se não, vá aqui ou aqui )

Instalando o METABAT2

A maneira mais fácil de instalar o metabat2 seria através do conda. Você não precisa, e se você for. As instalações em contêineres me dão tranquilidade.

O Metabat2 possui algumas dependências que você precisa instalar para funcionar (confira aqui ). A maioria das versões modernas do Ubuntu (ou outras distribuições Linux amplamente usadas) vêm com ele pré-instalado. Você também precisa instalar o bowtie2 (ou bbmap ou qualquer outro mapeador/alinhador) e samtools para gerar um arquivo SAM e convertê-lo em um arquivo BAM classificado, respectivamente, que o Metabat precisa para armazenar seus contigs.

Instalar gravata borboleta e samtools

conda install -c bioconda bowtie2
conda install -c bioconda samtools

conda install -c bioconda metabat2

Uso do MetaBat2