2022 özeti

2022 benim için acı tatlı bir yıl oldu.

Fizik tabanlı ve makine öğrenimi ile zenginleştirilmiş hesaplamalı ilaç keşif platformumuzun sürekli gelişiminde muazzam ilerleme kaydettik. Son teknoloji doğruluk ve kapsamlı kimya kapsamına sahip yeni nesil bir kuvvet alan motoru oluşturduk, benzersiz verim, sağlamlık ve hassasiyetle sağlam ve uyarlanabilir, bağlayıcı olmayan bir enerji tahmin programını yeniden tasarladık, geliştirdik protein yapılarının ve dinamiklerinin gerçekçi modellerini oluşturmak için biyofizik deneysel verilerinin gelişmiş moleküler dinamik simülasyonlarına entegre edilmesi için yeni yöntemler ve hedeflenen protein bozundurucuların yapı ve dinamik tabanlı rasyonel tasarımını mümkün kılmak ve modaliteye özgü uygulamalar için yöntemler ve modeller oluşturduk. kovalent inhibitörlerin keşfine yardımcı olur.

Daha da önemlisi, daha önce gözlemlenmemiş ancak daha sonra kristalografide doğrulanan simülasyonlarımızda modellenen üçlü karmaşık yapılara dayalı yeni aktif bozundurucular tasarlamak gibi gerçek ilaç keşfini mümkün kılmak ve önemli ölçüde hızlandırmak için bu hesaplama araçlarını başarıyla uyguladık. iki işlevli moleküller ve yüksek değerli ancak zorlu bir onkoloji hedefine karşı aktif inhibitör tasarımlarının yüzdesini 5 kat zenginleştirmek.

Hesaplamalı platformumuzun altında yatan bilimi bildiren bir dizi makale yayınladık:

• İkili Farklılıkların Optimal Ölçüm Ağı Kullanılarak Çoklu Moleküller İçin Hassas Bağlayıcı Serbest Enerji Hesaplamaları
• Moleküler dinamik simülasyonlarını yapısal kütle spektrometresi ile entegre ederek hedeflenen protein bozulmasının yapısal temelini tahmin etme
• Üçlü Kompleks Oluşumunda İşbirliğinin Etkisinin Modellenmesi ve Heterobifonksiyonel Bozundurucuların Aracılık Ettiği Hedefli Protein Parçalanması
• İnfluenza Hemaglutinin'in İnsan Adaptasyonuna Yol Açan Mutasyonları Tahmin Etmek İçin Reseptör Esnekliğinin Karakterizasyonu
• İlaç keşfinde bağlayıcı serbest enerji hesaplamalarının yavaş ama istikrarlı yükselişi

Yılın acı yanı, ilaç keşfi konusunda aynı tutkuyu paylaşan yetenekli ve özverili birçok meslektaşımla yollarımı ayırmış olmam. Hepinize iyi dileklerimle dostlarım!

Şimdi fırsatlarla dolu yeni bir yılı iple çekiyorum. Bağımsız, hesaplama odaklı bir grup olarak ( bu blog gönderisinde düşündüğüm gibi ), Silicon Therapeutics ve Roivant Discovery'deki ilaç keşfine güç veren platformu, geniş ilaç keşif topluluğundaki daha fazla ilaç keşif projesine taşıyacağız. platformun değeri ve hastalar için daha fazla ilacı daha hızlı keşfetmeye yardımcı olmak. Lütfen bizi izlemeye devam edin.

Mutlu Yıllar ve iyi araştırmalar!