GenRAIT ไปที่ PAG 30

ส่งเสริมการปฏิวัติข้อมูลวิทยาศาสตร์ชีวภาพในจีโนมของพืชและสัตว์

ในช่วงสัปดาห์ที่สองของเดือนมกราคม 2023 ทีมผู้นำGenRAIT ได้เข้าร่วม การประชุม Plant & Animal Genome Conferenceในซานดิเอโก ซึ่งเราได้ออกบูธ ตรงกันข้ามกับที่คาดการณ์ไว้ แคลิฟอร์เนียมีฝนตก แต่ไม่มีอะไรมาขัดขวางความคาดหวังของเราได้ และการประชุม PAG 30 (เพราะนี่คือการประชุมครั้งที่ 30 ที่กำลังจัดขึ้น) ก็ประสบความสำเร็จอย่างไม่ลดละ เรามีความยินดีที่ได้พูดคุยกับผู้จัดงาน Darrin Sherrago ขณะที่เขามาที่บูธของเรา เห็นได้ชัดว่าเขาทำงานอย่างหนักเพื่อให้มั่นใจว่าผู้เข้าร่วมกว่า 3,000 คนได้รับประสบการณ์ที่ยอดเยี่ยมในPAG แบบตัวต่อตัวครั้ง แรก หลังการแพร่ระบาด ทีม งาน GenRAITรู้สึกประทับใจมากกับการบริการลูกค้าและความใส่ใจที่ Sherrago มอบให้ แม้ว่าเราจะยังใหม่กับการประชุมก็ตาม

สำหรับทีมงานส่วนใหญ่ของเรา นี่เป็นครั้งแรกที่พวกเขาไปที่PAGและการผสมผสานระหว่างวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี วิชาการและอุตสาหกรรม ต่างก็มีความน่าสนใจและน่ายินดี GenRAITมีอยู่เพื่อพัฒนาวิทยาศาสตร์ เปิดใช้งานการค้นพบ และส่งเสริมนวัตกรรม สิ่งเหล่านี้ไม่ได้จำกัดเฉพาะภาคธุรกิจเฉพาะเจาะจง ไม่ว่าจะเป็นด้านวิชาการ องค์กรไม่แสวงหาผลกำไร หรือองค์กรที่แสวงหาผลกำไร หรือโดเมนสิ่งมีชีวิตเฉพาะ มนุษย์หรือไม่ใช่มนุษย์ มีปัญหาทั่วไปและวิธีแก้ไข และเราได้สนทนาที่ยอดเยี่ยมมากมายกับอาจารย์ ผู้นำอุตสาหกรรม และผู้อำนวยการสถาบันเกี่ยวกับการต่อสู้กับจำนวนข้อมูลที่เพิ่มขึ้นที่พวกเขาสร้างขึ้น ไม่ว่าจะเป็นลำดับจีโนมหรือ RNA ทุกคนตื่นเต้นกับความเป็นไปได้ของการค้นพบ แต่ผิดหวังกับอุปสรรคทางเทคนิค แรงงานและเวลาขาดแคลน

ในแง่ของสิ่งที่เราเห็น ความโดดเด่นของ Illumina ในการจัดลำดับอาจพร้อมที่จะถูกท้าทายในที่สุด ผู้ขายและผู้นำเสนอหลายคนพูดคุยอย่างตื่นเต้นเกี่ยวกับแพลตฟอร์มการหาลำดับของ Oxford Nanopore และความเป็นไปได้ของเทคโนโลยีการจัดลำดับแบบ long-read เมื่อซีเควนเซอร์ของอิลลูมินาปั่นข้อมูลที่อ่านออกมา ข้อมูลจะออกมาเป็นค่าความยาวฐาน 200 Aligner ซึ่งเป็นอัลกอริทึมที่ใช้โดยคอมพิวเตอร์ที่มีประสิทธิภาพ จะดึงการอ่านเหล่านี้และจับคู่กับลำดับการอ้างอิงในสถานการณ์ที่ดีที่สุด ในบางกรณี หากสิ่งมีชีวิตของคุณไม่มีลำดับอ้างอิง คุณต้องดูสำเนาการอ่านที่ทับซ้อนกันและสร้างลำดับde novo ในกรณีเหล่านี้ไม่ใช่ความท้าทายด้านการคำนวณเล็กน้อย สงสารนักวิทยาศาสตร์ที่ไม่มี 24 คอร์ในคลัสเตอร์

ความสวยงามของเทคโนโลยีของ Oxford Nanopore คือสามารถอ่านค่าได้นานขึ้นมาก โดยปกติจะมีหลายหมื่นคู่ แต่จำนวนการสร้างสถิติอยู่ที่สี่ล้านฐานติดต่อกัน (จีโนมมนุษย์มีคู่ฐานสามพันล้านคู่) เทคโนโลยีการอ่านแบบยาวอาจก่อให้เกิดการเปลี่ยนแปลงได้ เนื่องจากรอยเท้าทางคอมพิวเตอร์ของการประกอบเซ็กเมนต์ที่มีความยาวหลายล้านฐานนั้นเป็นเรื่องเล็กน้อยเมื่อเทียบกับการประกอบชิ้นส่วนที่มีความยาวเพียงร้อยฐาน มีข้อมูลที่ไม่ซ้ำกันมากมายในจีโนมที่มีความยาวหลายล้านฐาน ในขั้นวิกฤต มีความแปรผันทางพันธุกรรมในเบส ในรูปของ single nucleotide polymorphisms (SNPs) ทุกๆ 1,000 เบส ซึ่งหมายความว่าเมื่อนักวิทยาศาสตร์สามารถเข้าถึงข้อมูลดิบนอกเหนือจากเกณฑ์นี้แล้ว พวกเขาจะสามารถแยกความแตกต่างของการอ่านได้อย่างมีประสิทธิภาพมากขึ้นและจัดแนวได้เร็วขึ้น ถูกลง และดีขึ้น

แต่PAG 30ไม่ใช่แค่เรื่องของอนาคตเท่านั้น ใช่ ผู้คนแสดงให้เห็นว่าพวกเขาใช้เทคโนโลยีล้ำสมัยซึ่งอาจเปลี่ยนวิธีการทำงานของนักวิทยาศาสตร์ (ให้ดีขึ้น) ได้อย่างไร แต่ก็มีงานนำเสนอและบูธมากมายที่เน้นการนำวิทยาศาสตร์มาใช้เพื่อทำให้ชีวิตปัจจุบันของเราดีขึ้นและปลอดภัยยิ่งขึ้น มีคน 8 พันล้านคนในโลกที่ต้องได้รับอาหาร พันธุศาสตร์มุ่งเน้นไปที่การเพาะพันธุ์และการเพาะปลูกที่ดีขึ้น รวมถึงความเป็นไปได้ที่เป็นไปได้ของพันธุวิศวกรรมด้วย CRISPR สามารถสร้างความแตกต่างได้ ด้วยการเพิ่มขึ้นของประเทศกำลังพัฒนา และชาวจีน 1.4 พันล้านคนที่ต้องการกินเนื้อสัตว์ ความต้องการจึงเป็นเรื่องเร่งด่วนและมีอยู่ในปัจจุบัน และนักวิทยาศาสตร์การเกษตรหลายคนที่PAG 30กำลังก้าวเข้าสู่ความท้าทาย โดยใช้เทคโนโลยีในศตวรรษที่ 21 เพื่อแก้ไขปัญหาที่เก่าแก่พอๆ กับการเกษตร (ประมาณ 11,000 ปี)

ความท้าทายที่ยิ่งใหญ่ที่สุดในทศวรรษหน้าคือการกระจายพลังงานของนักวิจัยและเทคโนโลยีอย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผลเพื่อมุ่งเน้นไปที่ปัญหาที่เราในฐานะสังคมและโลกกำลังเผชิญอยู่ นักวิทยาศาสตร์และนักเทคโนโลยีต้องแบ่งแยก พิชิต และร่วมมือกัน ความคิดของมนุษย์มักจะคิดว่าชีววิทยาและเทคโนโลยีเป็นประเภทที่แตกต่างกัน แต่การเพิ่มขึ้นของจีโนมได้รับการอำนวยความสะดวกโดยการหลอมรวมระหว่างสองสิ่งนี้ การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดตามขนาดสามารถดำรงอยู่ได้ด้วยระบบอัตโนมัติและการคำนวณที่ทันสมัยเท่านั้น นักเทคโนโลยีที่PAG 30รู้สึกตื่นเต้นกับความเป็นไปได้และความท้าทายที่นำเสนอโดยนักชีววิทยา เนื่องจากทั้งสองกลุ่มอยู่ที่นั่นเพื่อหาวิธีทำสิ่งต่างๆ ให้ดีขึ้นและเร็วขึ้น แทนที่จะผลักดันแพลตฟอร์มเกมออนไลน์หรือการจำลอง VR ต่อไป ที่GenRAITเรามุ่งเน้นที่การใช้ประโยชน์จากเทคโนโลยี 1,000% เพื่อให้นักวิทยาศาสตร์ค้นพบข้อมูลเชิงลึกใหม่ๆ และอาจช่วยโลกได้

หากต้องการเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับสิ่งที่เราทำที่GenRAITโปรดเยี่ยมชมเว็บไซต์ ของเรา และลงทะเบียนเพื่อรับรายชื่อผู้รับจดหมายของเรา