สรุปปี 2022

ปี 2022 เป็นปีที่หวานอมขมกลืนสำหรับฉัน

เรามีความก้าวหน้าอย่างมากในการพัฒนาอย่างต่อเนื่องของแพลตฟอร์มการค้นพบยาด้วยการคำนวณที่อาศัยหลักฟิสิกส์และ ML-augmented เราได้สร้าง Force Field Engine รุ่นใหม่ที่มีความแม่นยำล้ำสมัยและครอบคลุมเคมีที่ครอบคลุม เราได้ออกแบบโปรแกรมการทำนายพลังงานที่ไม่มีการผูกมัดที่แข็งแกร่งและปรับเปลี่ยนได้ใหม่ด้วยปริมาณงาน ความทนทาน และความแม่นยำที่เหนือชั้น เราได้พัฒนา วิธีการใหม่สำหรับการรวมข้อมูลการทดลองทางชีวฟิสิกส์เข้ากับการจำลองไดนามิกของโมเลกุลขั้นสูงเพื่อสร้างแบบจำลองที่เหมือนจริงของโครงสร้างโปรตีนและไดนามิก และเราได้สร้างวิธีการและแบบจำลองสำหรับการใช้งานเฉพาะด้านกิริยาเพื่อให้การออกแบบเชิงเหตุผลตามโครงสร้างและไดนามิกของตัวย่อยสลายโปรตีนเป้าหมาย และเพื่อ ช่วยในการค้นพบสารยับยั้งโควาเลนต์

ที่สำคัญกว่านั้น เราประสบความสำเร็จในการใช้เครื่องมือคำนวณเหล่านี้เพื่อเปิดใช้งานและเร่งการค้นพบยาจริงอย่างรวดเร็ว เช่น การออกแบบตัวย่อยสลายที่ใช้งานอยู่ใหม่ตามโครงสร้างที่ซับซ้อนสามส่วนซึ่งจำลองขึ้นในการจำลองของเรา ซึ่งก่อนหน้านี้ไม่มีใครสังเกต แต่ต่อมาได้รับการยืนยันในผลึกศาสตร์ ทำนายประสิทธิภาพการย่อยสลายของยาใหม่ได้อย่างแม่นยำ โมเลกุลสองฟังก์ชัน และเพิ่มเปอร์เซ็นต์ของการออกแบบสารยับยั้งที่ออกฤทธิ์เพิ่มขึ้น 5 เท่าเมื่อเทียบกับเป้าหมายด้านเนื้องอกวิทยาที่มีมูลค่าสูงแต่ท้าทาย

เราได้เผยแพร่เอกสารจำนวนมากที่รายงานเกี่ยวกับวิทยาศาสตร์ที่เป็นรากฐานของแพลตฟอร์มการคำนวณของเรา:

• การคำนวณพลังงานที่แม่นยำโดยไม่ผูกมัดอย่างแม่นยำสำหรับโมเลกุลหลายตัวโดยใช้เครือข่ายการวัดที่เหมาะสมที่สุดสำหรับผลต่างแบบคู่
• การทำนายพื้นฐานโครงสร้างของการย่อยสลายโปรตีนเป้าหมายโดยการรวมการจำลองพลวัตของโมเลกุลเข้ากับแมสสเปกโตรเมทรีของโครงสร้าง
• การสร้างแบบจำลองผลกระทบของความร่วมมือในการสร้าง Ternary Complex และการย่อยสลายโปรตีนที่เป็นเป้าหมายโดยสื่อกลางโดย Degraders แบบเฮเทอโรบิฟังก์ชัน
• การกำหนดลักษณะความยืดหยุ่นของตัวรับเพื่อทำนายการกลายพันธุ์ที่นำไปสู่การปรับตัวของมนุษย์ของไข้หวัดใหญ่ Hemagglutinin
• การเพิ่มขึ้นอย่างช้าๆ แต่มั่นคงของการคำนวณพลังงานอิสระที่มีผลผูกพันในการค้นคว้ายา

ส่วนที่ขมขื่นของปีนี้คือการที่ฉันต้องแยกทางกับเพื่อนร่วมงานที่มีความสามารถและทุ่มเทหลายคนที่มีใจรักในการค้นพบยาแบบเดียวกัน ฉันขอให้คุณดีเพื่อนของฉัน!

ตอนนี้ฉันตั้งตารอโอกาสปีใหม่ ในฐานะกลุ่มอิสระที่เน้นการคำนวณ (ตามที่ฉันพิจารณาในโพสต์บล็อกนี้ ) เราจะนำแพลตฟอร์มที่ขับเคลื่อนการค้นพบยาใน Silicon Therapeutics และ Roivant Discovery ไปสู่โครงการค้นพบยาเพิ่มเติมในชุมชนการค้นพบยาในวงกว้าง เพื่อขยายขอบเขต มูลค่าของแพลตฟอร์มและช่วยให้ค้นพบยาสำหรับผู้ป่วยได้มากขึ้นเร็วขึ้น โปรดคอยติดตาม

สวัสดีปีใหม่และการวิจัยที่มีความสุข!