Conclusione del 2022

Il 2022 è stato un anno agrodolce per me.

Abbiamo compiuto enormi progressi nello sviluppo continuo della nostra piattaforma computazionale per la scoperta di farmaci basata sulla fisica e potenziata dal machine learning. Abbiamo costruito un motore di campo di forza di nuova generazione con accuratezza all'avanguardia e copertura chimica completa, abbiamo riprogettato un programma di previsione dell'energia libera vincolante robusto e adattivo con throughput, robustezza e precisione senza pari, abbiamo sviluppato nuovi metodi per integrare dati sperimentali di biofisica in simulazioni avanzate di dinamica molecolare per costruire modelli realistici di strutture e dinamiche proteiche, e abbiamo costruito metodi e modelli per applicazioni specifiche per modalità per consentire la progettazione razionale basata su struttura e dinamica di degradatori proteici mirati e per aiutare la scoperta di inibitori covalenti.

Ancora più importante, abbiamo applicato con successo questi strumenti computazionali per consentire e accelerare notevolmente la scoperta di nuovi farmaci, come la progettazione di nuovi degradatori attivi basati su strutture complesse ternarie modellate nelle nostre simulazioni che non sono state precedentemente osservate ma successivamente confermate in cristallografia, prevedendo accuratamente l'efficacia della degradazione di nuovi molecole bifunzionali e arricchendo di 5 volte la percentuale di progetti di inibitori attivi rispetto a un obiettivo oncologico di alto valore ma impegnativo.

Abbiamo pubblicato una serie di articoli che riportano la scienza alla base della nostra piattaforma computazionale:

• Calcoli precisi dell'energia libera di legame per più molecole utilizzando una rete di misurazione ottimale delle differenze a coppie
• Previsione delle basi strutturali della degradazione proteica mirata integrando simulazioni di dinamica molecolare con spettrometria di massa strutturale
• Modellazione dell'effetto della cooperatività nella formazione del complesso ternario e nella degradazione proteica mirata mediata da degradatori eterobifunzionali
• Caratterizzazione della flessibilità del recettore per prevedere le mutazioni che portano all'adattamento umano dell'emoagglutinina influenzale
• Il lento ma costante aumento dei calcoli dell'energia libera vincolante nella scoperta di farmaci

La parte amara dell'anno è che mi sono separato da molti dei miei colleghi talentuosi e devoti che condividono la stessa passione per la scoperta di droghe. Vi auguro ogni bene, amici miei!

Ora non vedo l'ora che arrivi un nuovo anno di opportunità. In qualità di gruppo indipendente, focalizzato sul calcolo (come ho contemplato in questo post sul blog ), porteremo la piattaforma che ha alimentato la scoperta di farmaci in Silicon Therapeutics e Roivant Discovery a più progetti di scoperta di farmaci nella vasta comunità di scoperta di farmaci, per amplificare il valore della piattaforma e per aiutare a scoprire più farmaci per i pazienti, più velocemente. Si prega di rimanere sintonizzati.

Buon anno e buona ricerca!