Biasanya, makanan lewat dari mulut Anda, ke tenggorokan Anda, melalui kerongkongan Anda, melewati otot seperti cincin yang disebut sfingter esofagus bagian bawah, atau LES, dan masuk ke perut Anda. Makanan bergerak melalui kerongkongan Anda karena kontraksi otot yang dikenal sebagai peristaltik. LES kemudian rileks atau terbuka untuk memungkinkan makanan masuk ke perut Anda. Kemudian, dengan cepat menutup sehingga baik makanan maupun isi asam lambung Anda tidak bisa naik kembali ke kerongkongan Anda.
Dengan GERD, LES tidak menutup dengan benar atau mengendur ketika tidak seharusnya, sehingga kandungan asam lambung Anda mengalir kembali ke kerongkongan. Ini disebut refluks. Refluks terjadi pada setiap orang dari waktu ke waktu, tetapi jika terjadi terlalu sering, dapat merusak lapisan pelindung kerongkongan Anda.