Varian baru bernama omicron (B.1.1.529) dilaporkan oleh para peneliti di Afrika Selatan 24 November 2021, dan ditetapkan sebagai "varian yang menjadi perhatian" oleh Organisasi Kesehatan Dunia dua hari kemudian. Omicron sangat tidak biasa karena sejauh ini merupakan varian yang paling banyak bermutasi dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan COVID-19 .
Varian omicron memiliki 50 mutasi secara keseluruhan, dengan 32 mutasi pada protein spike saja. Protein lonjakan – yang membentuk kenop yang menonjol di bagian luar virus SARS-CoV-2 – membantu virus menempel pada sel sehingga bisa masuk. Ini juga merupakan protein yang digunakan oleh ketiga vaksin yang saat ini tersedia di AS untuk menginduksi antibodi pelindung. Sebagai perbandingan, varian delta memiliki sembilan mutasi. Jumlah mutasi yang lebih besar dalam varian omicron dapat berarti bahwa itu bisa lebih menular dan/atau lebih baik dalam menghindari perlindungan kekebalan — prospek yang sangat memprihatinkan.
Saya seorang ahli virologi yang mempelajari virus yang muncul dan virus zoonosis untuk lebih memahami bagaimana virus epidemi atau pandemi baru muncul. Kelompok penelitian saya telah mempelajari berbagai aspek virus COVID-19, termasuk penyebarannya ke hewan.
Mengapa Varian Baru SARS-CoV-2 Terus Muncul?
Sementara jumlah mutasi yang luar biasa tinggi pada varian omicron mengejutkan, kemunculan varian SARS-CoV-2 lainnya tidak terduga.
Melalui seleksi alam, mutasi acak terakumulasi dalam virus apapun. Proses ini dipercepat pada virus RNA, termasuk SARS-CoV-2. Jika dan ketika satu set mutasi memberikan keuntungan bertahan hidup pada suatu varian dibandingkan pendahulunya, varian tersebut akan bersaing dengan semua varian virus lain yang ada.
Apakah jumlah mutasi varian omicron yang lebih besar berarti lebih berbahaya dan menular daripada delta? Kami hanya belum tahu. Kondisi yang menyebabkan munculnya varian tersebut masih belum jelas, namun yang jelas jumlah dan konfigurasi mutasi pada omicron sangat tidak biasa.
Satu penjelasan yang mungkin tentang bagaimana varian virus dengan banyak mutasi muncul adalah melalui infeksi yang berkepanjangan pada pasien yang sistem kekebalannya ditekan — situasi yang dapat menyebabkan evolusi virus yang cepat . Para peneliti telah berhipotesis bahwa beberapa varian SARS-CoV-2 sebelumnya, seperti varian alfa, mungkin berasal dari pasien yang terinfeksi terus-menerus. Namun, konstelasi yang tidak biasa dan banyak mutasi pada varian omicron membuatnya sangat berbeda dari semua strain SARS-CoV-2 lainnya, yang menimbulkan pertanyaan tentang bagaimana kemunculannya.
Sumber varian lain yang mungkin bisa melalui inang hewan. Virus penyebab COVID-19 dapat menginfeksi beberapa spesies hewan , antara lain cerpelai, harimau, singa, kucing, dan anjing. Dalam sebuah penelitian yang belum ditinjau oleh rekan sejawat, tim internasional yang saya pimpin baru-baru ini melaporkan infeksi yang meluas oleh SARS-CoV-2 pada rusa ekor putih yang hidup bebas dan penangkaran di AS. Oleh karena itu, kami juga tidak dapat mengesampingkan kemungkinan bahwa varian omicron muncul pada inang hewan melalui evolusi yang cepat.
Bagaimana Varian Delta Menjadi Dominan di Seluruh Dunia
Delta antara 40 persen dan 60 persen lebih mudah menular daripada varian alfa dan hampir dua kali lebih mudah menular dari virus SARS-CoV-2 asli yang pertama kali diidentifikasi di China. Penularan varian delta yang lebih tinggi adalah alasan utama mengapa para peneliti percaya bahwa varian tersebut mampu bersaing dengan varian lain untuk menjadi strain yang dominan.
Faktor kunci dalam kebugaran virus adalah tingkat replikasinya — atau seberapa cepat virus dapat membuat lebih banyak salinan dari dirinya sendiri. Varian delta bereplikasi lebih cepat daripada varian SARS-CoV-2 sebelumnya, dan sebuah studi yang belum ditinjau sejawat memperkirakan bahwa ia menghasilkan 1.000 kali lebih banyak partikel virus daripada pendahulunya.
Selain itu, orang yang terinfeksi varian delta membuat dan mengeluarkan lebih banyak virus, yang merupakan mekanisme potensial lain untuk meningkatkan kemampuannya untuk menyebar. Penelitian menunjukkan bahwa penjelasan yang mungkin untuk peningkatan kemampuan varian delta untuk bereplikasi adalah bahwa mutasi pada protein spike menyebabkan pengikatan protein spike yang lebih efisien ke inangnya, melalui reseptor ACE-2.
Varian delta juga telah memperoleh mutasi yang memungkinkannya menghindari antibodi penetralisir yang berperan penting dalam pertahanan tubuh melawan virus yang menyerang. Ini dapat menjelaskan mengapa, seperti yang ditunjukkan oleh banyak laporan , vaksin COVID-19 agak kurang efektif terhadap varian delta . Kombinasi dari transmisibilitas tinggi dan penghindaran kekebalan ini dapat membantu menjelaskan bagaimana varian delta menjadi begitu sukses .
Studi juga menunjukkan bahwa orang yang terinfeksi varian delta memiliki risiko lebih tinggi untuk dirawat di rumah sakit dibandingkan dengan mereka yang terinfeksi SARS-CoV-2 asli dan varian awal. Satu mutasi khusus pada protein lonjakan varian delta – mutasi P681R – dianggap sebagai kontributor utama untuk peningkatan kemampuannya untuk memasuki sel dan menyebabkan penyakit yang lebih parah.
Akankah Omicron Menggantikan Delta?
Terlalu dini untuk mengatakan apakah varian omicron lebih bugar daripada delta atau akan menjadi dominan. Omicron berbagi beberapa mutasi dengan varian delta tetapi juga memiliki yang lain yang sangat berbeda. Tetapi salah satu alasan mengapa kami di komunitas penelitian sangat prihatin adalah bahwa varian omicron memiliki 10 mutasi pada domain pengikatan reseptor — bagian dari protein lonjakan yang berinteraksi dengan reseptor ACE-2 dan memediasi masuknya ke dalam sel — dibandingkan dengan hanya dua untuk varian delta.
Misalkan kombinasi dari semua mutasi dalam omicron membuatnya lebih mudah menular atau lebih baik dalam penghindaran imun daripada delta. Dalam hal ini, kita bisa melihat penyebaran varian ini secara global. Namun, mungkin juga jumlah mutasi yang luar biasa tinggi dapat merusak virus dan membuatnya tidak stabil.
Sangat mungkin bahwa varian omicron bukanlah akhir permainan dan lebih banyak varian SARS-CoV-2 akan muncul. Karena SARS-CoV-2 terus menyebar di antara manusia , seleksi alam dan adaptasi akan menghasilkan lebih banyak varian yang masuk akal lebih mudah menular daripada delta.
Kita tahu dari virus influenza bahwa proses adaptasi virus tidak pernah berakhir . Tingkat vaksinasi yang lebih rendah di antara banyak negara berarti bahwa masih banyak inang yang rentan di luar sana untuk virus tersebut, dan virus itu akan terus bersirkulasi dan bermutasi selama masih dapat menyebar. Munculnya varian omicron merupakan pengingat lain tentang urgensi vaksinasi untuk menghentikan penyebaran dan evolusi SARS-CoV-2 lebih lanjut.
Suresh V. Kuchipudi adalah profesor penyakit menular baru di Penn State University. Ia menerima dana dari Institut Kesehatan Nasional AS, Departemen Pertanian AS, dan Yayasan Sains Nasional AS.
Artikel ini diterbitkan ulang dari The Conversation di bawah lisensi Creative Commons. Anda dapat menemukan artikel aslinya di sini .
