Obliczanie / wizualizacja gęstości elektronicznej na podstawie informacji orbitalnych zapisanych w formacie Molden
Próbuję uzyskać gęstość elektronów z informacji orbitalnych zapisanych w formacie Molden według wzoru, $$ \rho(\mathbf{r}) = \sum_{i}^{occ} |\phi_{i}(\mathbf{r})|^{2}. \tag{1} $$
Czy istnieje program do przetwarzania końcowego do obsługi tego zadania?
Uważam, że potrafię samodzielnie stworzyć skrypt, ponieważ plik Molden wydaje się zapewniać współczynniki GTO, ale chcę sprawdzić, czy są już działające przykłady.
Byłoby pożądane, aby ostateczne dane funkcji gęstości były w formacie zgodnym ze zwykłym oprogramowaniem do wizualizacji (takim jak Molden, VMD itp.), Ale myślę, że można je wizualizować, jeśli są przedstawione w siatce 3D.
Odpowiedzi
Bardzo polecam cclib, który potrafi czytać Molden i obliczyć gęstość.
Chociaż nie używałem ich tak często, jestem prawie pewien, że możesz to zrobić za pomocą:
- Orbkit
- Horton
Niewątpliwie istnieją inne narzędzia - Molden to dość standardowy format wymiany chemii kwantowej.