Wyciągnij geny / obserwacje z grup cutree_rows w pheatmap

Dec 17 2020

Jak można wyciągnąć genów / obserwacje z grup wierszy wygenerowanych cutree_rows = 3w pheatmap? byłoby ?obj$tree_row$...

obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Widziałem, że możesz znaleźć listę genów, jeśli zastosujesz k oznacza, działając tak, jak tutaj. Czy jest sposób na zachowanie skupień na mapie cieplnej, ale zmniejszyć liczbę obserwacji?obj$kmeans$cluster

Odpowiedzi

1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06

Możesz po prostu zrobić to ponownie, więc na przykład dane są takie:

set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Czy cutree:

cl = cutree(obj$tree_row,3)

ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)

ann
    cl
g1   1
g2   2
g3   1
g4   2
g5   3
g6   1
g7   2
g8   1
g9   1
g10  2
g11  3
g12  2
g13  2
g14  1
g15  2
g16  2
g17  1
g18  3
g19  3
g20  2

Planujemy to ponownie, aby sprawdzić, czy jest poprawne,

pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)