Wyciągnij geny / obserwacje z grup cutree_rows w pheatmap
Dec 17 2020
Jak można wyciągnąć genów / obserwacje z grup wierszy wygenerowanych cutree_rows = 3
w pheatmap
? byłoby ?obj$tree_row$...
obj <- pheatmap(mat, annotation_col = anno, fontsize_row = 10, show_colnames = F, show_rownames = F, cutree_cols = 3, cluster_cols = FALSE, color = col, scale = 'row',cutree_rows = 3)
Widziałem, że możesz znaleźć listę genów, jeśli zastosujesz k oznacza, działając tak, jak tutaj. Czy jest sposób na zachowanie skupień na mapie cieplnej, ale zmniejszyć liczbę obserwacji?obj$kmeans$cluster
Odpowiedzi
1 StupidWolf Dec 17 2020 at 10:06
Możesz po prostu zrobić to ponownie, więc na przykład dane są takie:
set.seed(2020)
mat = matrix(rnorm(200),20,10)
rownames(mat) = paste0("g",1:20)
obj = pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3)

Czy cutree:
cl = cutree(obj$tree_row,3)
ann = data.frame(cl)
rownames(ann) = rownames(mat)
ann
cl
g1 1
g2 2
g3 1
g4 2
g5 3
g6 1
g7 2
g8 1
g9 1
g10 2
g11 3
g12 2
g13 2
g14 1
g15 2
g16 2
g17 1
g18 3
g19 3
g20 2
Planujemy to ponownie, aby sprawdzić, czy jest poprawne,
pheatmap(mat,cluster_cols = FALSE, scale = 'row',cutree_rows = 3,annotation_row=ann)
