Dodaj czarny kontur dla różnych kształtów geom_point na DESeq2 PCA

Question

Prowadzę PCA z pakietem DESeq2 i chciałbym uzyskać czarny kontur na kształtach, które są już oparte na obserwacji, okrągłe działają, ale inne nie.

Przykłady, takie jak Make stat_ellipse {ggplot2} outline geom_point kolor wypełnienia lub Umieść obramowanie wokół punktów, mają dane wykreślane jako jeden kształt.

Trudno jest podać powtarzalny przykład, ponieważ poprzednio wykonał PCA na dużym zbiorze danych, ale wykonałem następujące czynności:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  
geom_point(aes(PC1, PC2, color = dFe, shape = location), shape= 21, colour="black", size= 5)

Uważam, że kluczem do sukcesu jest kodowanie tej nowej warstwy geom_point

Bieganie scale_fill_manual I get the following

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location))+   
geom_point(size=5)+  scale_shape_manual(values=c(21,22,23))

Answer 1

Jak wspomniałem w moim komentarzu, użyj scale_shape_manuali zapewnij fillestetykę:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, fill = dFe, shape = location)) +
    geom_point(color = 'black', size = 5) +
    scale_shape_manual(values = c(21L, 22L, 23L))

Answer 2

Spróbuj tego:

ggplot(pcaData, aes(x = PC1, y = PC2, shape = location))+   
  geom_point(size=7) + 
  geom_point(aes(x = PC1, y = PC2, color = dFe, shape = location), size=5)