Gdzie zdobyć struktury MOF odpowiednie do przeprowadzenia symulacji DFT?

Nov 19 2020

W przypadku materiałów sypkich i dwuwymiarowych możemy pobrać konstrukcje z wielu baz danych, takich jak Projekt Materiałowy i CMR . Czy istnieją podobne bazy danych dla materiałów lub struktur MOF (metal-organiczne ramy)? Jak mogę zbudować rozsądną strukturę, a mianowicie POSCARVASP?

Odpowiedzi

9 AndrewRosen Nov 20 2020 at 00:50

W poniższych przykładach można wygenerować a POSCAR, używając różnych narzędzi, takich jak Atomic Simulation Environment , do konwersji między CIFi POSCAR.

Eksperymentalne struktury MOF

Baza danych MOF CoRE: Baza danych MOF gotowa do obliczeń i eksperymentalna (CoRE) ( papier , łącze do bazy danych ). Ta baza danych zawiera eksperymentalne struktury krystaliczne MOF uzyskane z Cambridge Structural Database oraz dodatkowe informacje z różnych artykułów. Istnieją dwie wersje: podzbiory FSR (usunięty wolny rozpuszczalnik) i ASR (usunięty cały rozpuszczalnik). W przypadku pierwszego z porów usunięto cały wolny (tj. Niezwiązany) rozpuszczalnik, natomiast w drugim usunięto cały niezwiązany i związany rozpuszczalnik. Ta baza danych zawiera około 14 000 3D MOF.

Podzbiór MOF CSD: Podzbiór MOF Cambridge Structural Database (CSD) ( papier , łącze do bazy danych ). Ta baza danych zawiera eksperymentalne struktury krystaliczne MOF (i polimerów koordynacyjnych) z Cambridge Structural Database. Zawiera o wiele więcej struktur niż baza danych CoRE MOF, ale używa mniej ścisłej definicji tego, czym jest MOF. Możesz skorzystać z listy kodów referencyjnych i ręcznie pobrać struktury z CSD lub użyć oprogramowania CCDC ConQuest, jak opisano tutaj, do przeszukiwania bazy danych w systematyczny sposób. Ta baza danych zawiera prawie 100 000 struktur podobnych do MOF i rośnie wraz z każdym wydaniem CSD.

Struktury MOF zoptymalizowane pod kątem DFT

Baza danych QMOF: Jeśli szukasz struktur zoptymalizowanych pod kątem DFT, sprawdź bazę danych Quantum MOF (QMOF) ( papier , łącze do bazy danych ), którą zbudowałem. Zawiera ponad 14 000 zoptymalizowanych pod kątem DFT struktur z podzbioru CSD MOF (więcej w przyszłości!).

Podzbiór CoRE MOF zoptymalizowany pod kątem DFT : W bazie danych CoRE MOF znajduje się również podzbiór 1340 MOF zoptymalizowany pod kątem DFT ( papier , łącze do bazy danych ).

Hipotetyczne struktury MOF

Jeśli żądany MOF nie został jeszcze utworzony, możesz być zainteresowany konstruowaniem hipotetycznych MOF CIF ze znanych bloków konstrukcyjnych. Poniżej przedstawiono kilka narzędzi i baz danych.

ToBaCCo : Istnieje konstruktor kryształów oparty na topologii, znany jako ToBaCCo ( publikacja 1 , publikacja 2 , GitHub ). Zasadniczo za pomocą tego kodu można wykonać nieograniczoną liczbę MOF. Zestaw ToBaCCo MOF można znaleźć na MOFDB .

hMOF: Istnieje zbiór danych około 130 000 hipotetycznych MOF (hMOF) opisanych tutaj .

MOF +: Istnieje hipotetyczny kod konstrukcyjny MOF zwany MOF + .

B&W: Boyd i Woo mają nakreślony tutaj kod konstrukcyjny MOF .

Nanoporousmaterials.org: Witryna internetowa nanoporousmaterials.org zawiera kilka baz danych materiałów nanoporowatych, w tym hipotetycznych analogów MOF-5. Można tu znaleźć hipotetyczne analogi MOF-74 z tej samej grupy .

Meta-repozytoria

MOFDB: MOFDB zawiera struktury MOF (z wybranych własności) od rdzenia MF, tytoń i baz hMOF.

Nanoporowaty Materiały Explorer: Nanoporowaty Materiały Explorer App , część Projektu Materials , ma hMOFs i kilka innych struktur porowatych. Zasadniczo jest to starsza wersja MOFdb.