Une nouvelle variante nommée omicron (B.1.1.529) a été signalée par des chercheurs en Afrique du Sud le 24 novembre 2021 et désignée comme "variante préoccupante" par l'Organisation mondiale de la santé deux jours plus tard. Omicron est très inhabituel en ce sens qu'il s'agit de loin de la variante la plus fortement mutée à ce jour du SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19 .
La variante omicron a 50 mutations au total, avec 32 mutations sur la seule protéine de pointe. La protéine de pointe - qui forme des boutons saillants à l'extérieur du virus SARS-CoV-2 - aide le virus à adhérer aux cellules afin qu'il puisse pénétrer. C'est également la protéine que les trois vaccins actuellement disponibles aux États-Unis utilisent pour induire des anticorps protecteurs. A titre de comparaison, la variante delta a neuf mutations. Le plus grand nombre de mutations dans la variante omicron peut signifier qu'elle pourrait être plus transmissible et/ou mieux à échapper à la protection immunitaire - une perspective très préoccupante.
Je suis un virologue qui étudie les virus émergents et zoonotiques pour mieux comprendre comment émergent de nouveaux virus épidémiques ou pandémiques. Mon groupe de recherche a étudié divers aspects du virus COVID-19, y compris ses retombées sur les animaux.
Pourquoi de nouvelles variantes du SARS-CoV-2 continuent-elles d'apparaître ?
Bien que le nombre inhabituellement élevé de mutations dans la variante omicron soit surprenant, l'émergence d'une autre variante du SRAS-CoV-2 n'est pas inattendue.
Grâce à la sélection naturelle, des mutations aléatoires s'accumulent dans n'importe quel virus. Ce processus est accéléré dans les virus à ARN, y compris le SRAS-CoV-2. Si et quand un ensemble de mutations offre un avantage de survie à une variante par rapport à ses prédécesseurs, la variante surpassera toutes les autres variantes de virus existantes.
Le plus grand nombre de mutations de la variante omicron signifie-t-il qu'elle est plus dangereuse et transmissible que delta ? Nous ne savons tout simplement pas encore. Les conditions qui ont conduit à l'émergence de la variante ne sont pas encore claires, mais ce qui est clair, c'est que le nombre et la configuration des mutations dans omicron sont inhabituels.
Une explication possible de la façon dont les variantes virales à mutations multiples émergent est une infection prolongée chez un patient dont le système immunitaire est supprimé - une situation qui peut conduire à une évolution virale rapide . Les chercheurs ont émis l'hypothèse que certaines des variantes antérieures du SRAS-CoV-2, telles que la variante alpha, pourraient provenir d'un patient infecté de manière persistante. Cependant, la constellation inhabituelle et les nombreuses mutations de la variante omicron la rendent très différente de toutes les autres souches de SARS-CoV-2, ce qui soulève des questions sur son apparition.
Une autre source possible de variants pourrait provenir d'hôtes animaux. Le virus qui cause le COVID-19 peut infecter plusieurs espèces animales , notamment les visons, les tigres, les lions, les chats et les chiens. Dans une étude qui n'a pas encore été évaluée par des pairs, une équipe internationale que je dirige a récemment signalé une infection généralisée par le SRAS-CoV-2 chez des cerfs de Virginie vivant en liberté et en captivité aux États-Unis. Par conséquent, nous ne pouvons pas non plus exclure la possibilité que la variante omicron est apparue chez un animal hôte par une évolution rapide.
Comment la variante Delta est devenue dominante dans le monde
Delta est entre 40% et 60% plus transmissible que la variante alpha et près de deux fois plus transmissible que le virus SARS-CoV-2 d'origine identifié pour la première fois en Chine. La transmissibilité accrue de la variante delta est la principale raison pour laquelle les chercheurs pensent qu'elle a pu surpasser les autres variantes pour devenir la souche dominante.
Un facteur clé de l'aptitude virale est son taux de réplication - ou la rapidité avec laquelle un virus peut faire plus de copies de lui-même. La variante delta se réplique plus rapidement que les variantes précédentes du SRAS-CoV-2, et une étude non encore évaluée par des pairs a estimé qu'elle produit 1 000 fois plus de particules virales que ses prédécesseurs.
De plus, les personnes infectées par la variante delta fabriquent et éliminent davantage de virus, ce qui est un autre mécanisme potentiel de sa capacité accrue à se propager. La recherche suggère qu'une explication possible de la capacité accrue de la variante delta à se répliquer est que des mutations dans la protéine de pointe ont conduit à une liaison plus efficace de la protéine de pointe à son hôte, via le récepteur ACE-2.
La variante delta a également acquis des mutations qui lui permettraient d' échapper aux anticorps neutralisants qui jouent un rôle essentiel dans la défense de l'organisme contre un virus envahisseur. Cela pourrait expliquer pourquoi, comme plusieurs rapports l'ont montré, les vaccins COVID-19 ont été un peu moins efficaces contre la variante delta . Cette combinaison de transmissibilité élevée et d'évasion immunitaire pourrait aider à expliquer le succès de la variante delta .
Des études montrent également que les personnes infectées par la variante delta ont un risque plus élevé d'être hospitalisées par rapport à celles infectées par le SRAS-CoV-2 d'origine et les variantes précoces. On pense qu'une mutation particulière sur la protéine de pointe de la variante delta - la mutation P681R - est un contributeur clé à sa capacité améliorée à pénétrer dans les cellules et à provoquer une maladie plus grave.
Omicron remplacera-t-il Delta ?
Il est trop tôt pour dire si la variante omicron est plus en forme que delta ou si elle deviendra dominante. Omicron partage certaines mutations avec la variante delta mais en possède également d'autres assez différentes. Mais l'une des raisons pour lesquelles nous, dans la communauté des chercheurs, sommes particulièrement préoccupés est que la variante omicron a 10 mutations dans le domaine de liaison au récepteur - la partie de la protéine de pointe qui interagit avec le récepteur ACE-2 et médie l'entrée dans les cellules - par rapport avec seulement deux pour la variante delta.
Supposons que la combinaison de toutes les mutations d'omicron le rend soit plus transmissible, soit plus efficace pour l'évasion immunitaire que delta. Dans ce cas, nous pourrions voir la propagation de cette variante à l'échelle mondiale. Cependant, il est également possible que le nombre inhabituellement élevé de mutations soit préjudiciable au virus et le rende instable.
Il est fort probable que la variante omicron ne soit pas la fin du jeu et que d'autres variantes du SARS-CoV-2 émergeront. Alors que le SRAS-CoV-2 continue de se propager parmi les humains , la sélection naturelle et l'adaptation se traduiront par davantage de variantes qui pourraient vraisemblablement être plus transmissibles que delta.
Nous savons grâce aux virus de la grippe que le processus d' adaptation virale ne se termine jamais . Des taux de vaccination plus faibles dans de nombreux pays signifient qu'il existe encore de nombreux hôtes sensibles au virus et qu'il continuera à circuler et à muter tant qu'il pourra se propager. L'émergence de la variante omicron est un autre rappel de l'urgence de vacciner pour arrêter la propagation et l'évolution du SRAS-CoV-2.
Suresh V. Kuchipudi est professeur de maladies infectieuses émergentes à la Penn State University. Il reçoit des fonds des National Institutes of Health des États-Unis, du Département de l'agriculture des États-Unis et de la National Science Foundation des États-Unis.
Cet article est republié de The Conversation sous une licence Creative Commons. Vous pouvez trouver l' article original ici .
