lỗi đối số không phải ký tự từ Perl sub, nhưng hoạt động trong R

Jan 06 2021

Tôi có một tập lệnh R tầm thường hoạt động tốt:

library(gplots)
A <- c("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog")
B <- c("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat")

png('tmp.png')
venn(list(A=A,B=B))

và tôi đang cố gắng viết một chương trình con perl sẽ thực hiện hành động trên trong R bằng cách sử dụng gói Statistics :: R:

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings FATAL => 'all';
use feature 'say';
use autodie ':all';
use Carp 'confess';
use Statistics::R;

my @t1 = ("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog");
my @t2 = ("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat");
my %data = (
    A => [@t1],
    B => [@t2]
);
sub venn {
    my ($args) = @_; unless (defined $args->{output_filestem}) {
        confess "venn diagram needs an output filename" 
    }
    if (scalar keys %{ $args->{data} } < 2) { printf("There are %u keys in data.\n", scalar keys %{ $args->{data} });
        confess 'There must be >= 2 keys in data.';
    }
    my $R = Statistics::R->new(); foreach my $key (keys %{ $args->{data} }) { $R -> set("$key", $args->{data}{key});
    }
    say __LINE__;
    if (defined $args->{output_type}) { $R -> run(`$args->{output_type}('$args->{output_stem}.$args->{output_type}')`); } else { # output EPS file is default $args->{output_type} = 'eps';
        $R -> run( q`setEPS()`, qq`postscript('$args->{output_filestem}.eps')`,
        );
    }
    my @venn;
    foreach my $key (sort keys %{ $args->{data} }) {
        push @venn, "$key=$key"
    }
    my $venn_cmd = 'venn(list(' . join (', ', @venn) . '))'; say $venn_cmd;
    $R -> run(q`library(gplots)`); $R -> run(qq`$venn_cmd`); say "wrote $args->{output_filename}";
    return $args->{output_filename}
}

venn({
    data => \%data,
    output_filestem => 'venn'
});

nhưng chạy tập lệnh Perl này tạo ra lỗi:

venn(list(A=A, B=B))

Error:
strsplit(names(map), character(0), fixed = TRUE) : 
  non-character argument
Calls: venn -> vennMembers -> do.call -> strsplit
Execution halted
Command exited with non-zero status 29

Một cái gì đó tương tự là trong đối số Non character trong hàm chia chuỗi R (strsplit) nhưng tôi không thấy cách áp dụng những gì ở đó vào trường hợp của mình.

Có thể đây là một số lỗi trong Thống kê :: R? Đầu vào Perl sub phải giống với tập lệnh R.

và tôi không biết điều gì gây ra điều này, bởi vì các lệnh R mà tôi đang sử dụng giống hệt với tập lệnh R đang hoạt động.

Tại sao Perl sub không thành công, ngay cả khi nó hoạt động giống hệt như tập lệnh R?

Trả lời

4 choroba Jan 06 2021 at 03:49

Thiếu dấu hiệu:

$R -> set("$key", $args->{data}{key});

nên là

$R -> set("$key", $args->{data}{$key});
#                               ^

Nếu không, A và B được điền vào undefdẫn đến lỗi.

BTW, "$key"giống như $key. Không cần phải trích dẫn kép một biến.