Các bước của thí nghiệm của Pasteur được trình bày dưới đây:
Đầu tiên, Pasteur chuẩn bị một loại nước dùng dinh dưỡng tương tự như nước dùng mà người ta sẽ dùng trong món súp.
Tiếp theo, anh cho lượng nước dùng bằng nhau vào hai chiếc bình cổ dài. Anh ta để lại một bình với cổ thẳng. Người còn lại anh ta uốn cong để tạo thành hình chữ "S".

Sau đó, ông đun sôi nước dùng trong mỗi bình để tiêu diệt bất kỳ sinh vật sống nào trong chất lỏng. Nước dùng vô trùng sau đó được để ở nhiệt độ phòng và tiếp xúc với không khí, trong các bình mở miệng của chúng.

Sau vài tuần, Pasteur quan sát thấy nước dùng trong bình cổ thẳng bị đổi màu và vẩn đục, trong khi nước dùng trong bình cổ cong không thay đổi.

Ông kết luận rằng vi trùng trong không khí có thể rơi không bị cản trở xuống bình cổ thẳng và làm ô nhiễm nước dùng. Tuy nhiên, bình còn lại giữ vi trùng ở cổ cong của nó, ngăn không cho chúng tiếp cận với nước dùng, bình không bao giờ đổi màu hoặc bị vẩn đục.

Pasteur lập luận, nếu sự sinh tự phát là một hiện tượng thực, thì nước dùng trong bình cổ cong cuối cùng sẽ trở nên tái nhiễm vì vi trùng sẽ sinh ra một cách tự nhiên. Nhưng chiếc bình cổ cong không bao giờ bị nhiễm trùng, chứng tỏ rằng vi trùng chỉ có thể đến từ những vi trùng khác.
Thí nghiệm của Pasteur có tất cả các dấu ấn của nghiên cứu khoa học hiện đại. Nó bắt đầu với một giả thuyết và nó kiểm tra giả thuyết đó bằng một thí nghiệm được kiểm soát cẩn thận. Quá trình tương tự này - dựa trên cùng một chuỗi các bước logic - đã được các nhà khoa học sử dụng trong gần 150 năm. Theo thời gian, những bước này đã phát triển thành một phương pháp lý tưởng hóa mà ngày nay chúng ta gọi là phương pháp khoa học. Sau vài tuần, Pasteur quan sát thấy nước dùng trong bình cổ thẳng bị đổi màu và vẩn đục, trong khi nước dùng trong bình cổ cong không thay đổi.
Hãy xem xét kỹ hơn các bước này.