Như đã đề cập trước đó, tòa án dị giáo là tòa án - một loại hình xét xử mà thẩm phán (hoặc các thẩm phán) xét xử bị cáo và thông qua phán quyết. Nhưng những thử nghiệm này là duy nhất theo một số cách. Bị cáo buộc phải làm chứng, và anh ta không nhận được luật sư hay bất kỳ sự trợ giúp nào. Nếu anh ta từ chối làm chứng, Thẩm phán coi việc từ chối này như một bằng chứng về tội lỗi của anh ta. Bất kỳ ai cũng có thể làm chứng chống lại anh ta, kể cả người thân, tội phạm và những kẻ dị giáo khác, và anh ta không được cho biết những người tố cáo anh ta là ai. Bị cáo thường không có bất kỳ nhân chứng nào làm chứng thay cho mình, bởi vì họ cũng có thể bị nghi ngờ là một kẻ dị giáo. Anh ta cũng không phải lúc nào cũng được thông báo ngay lập tức về những cáo buộc chống lại anh ta.
Tòa án xét xử đã đi khắp đất nước để tiến hành các phiên xét xử. Tòa án này bao gồm hai thẩm tra viên cũng như các thư ký và các thành viên khác. Một phiên tòa dị giáo điển hình bắt đầu với một Sắc lệnh Ân điển sau một Thánh lễ Công giáo, trong đó các tòa án dị giáo giải thích những gì cấu thành dị giáo và khuyến khích giáo đoàn thú nhận bất kỳ sự vi phạm nào. Những người thú nhận đã thoát khỏi sự tra tấn và trừng phạt nghiêm khắc nhưng bị buộc phải tố cáo bất kỳ kẻ dị giáo nào khác.
Dị giáo có thể được chứng minh một cách chắc chắn nếu bị cáo bị bắt trong một hành vi dị giáo, nhưng mục tiêu của người điều tra luôn là trích xuất một lời thú tội, hoặc thừa nhận tội lỗi. Các thẩm phán không chỉ được giáo dục tốt hơn và thông thạo Kinh thánh hơn đối tượng của họ; họ cũng được đào tạo cụ thể về cách đặt câu hỏi theo những cách khó hiểu hoặc dẫn dắt. Thông thường, bị cáo không đủ thông minh để trả lời các câu hỏi của người điều tra và chứng minh mình vô tội. Nhưng người điều tra vẫn cần một lời thú tội thỏa đáng. Những kẻ dị giáo bị buộc tội có thể bị bỏ tù trong nhiều năm cho đến khi lấy được một người.
Năm 1252, Giáo hoàng Innocent IV đã ban hành một con bò tót cho phép sử dụng hình thức tra tấn để được thú tội. Vào thế kỷ 16, các tòa án dị giáo Tây Ban Nha đã lợi dụng con bò tót này. Nhiệm vụ này thường được giao cho chính quyền địa phương, nhưng chính những người điều tra cũng tham gia. Nếu bị cáo khai nhận trong khi bị tra tấn thì bị cáo khai nhận lần nữa trong khi không bị tra tấn thì việc nhận tội mới được tính. Sự tra tấn chỉ được sử dụng nếu tất cả các nỗ lực khác nhằm lấy bằng chứng về tà giáo đã cạn kiệt.
Chúng ta sẽ xem xét các hình thức tra tấn khác nhau này tiếp theo.
