Có thể cho rằng, vai trò trang trọng nhất của tổng thống là đảm nhiệm vai trò lãnh đạo quân đội Hoa Kỳ. Dưới sự chỉ đạo của tổng thống, Hoa Kỳ có thể thực hiện các cuộc xâm lược trả đũa, chẳng hạn như cuộc xâm lược Afghanistan năm 2001. Các cuộc chiến tranh có thể được thúc đẩy gián tiếp hoặc không được thúc đẩy, giống như các cuộc xâm lược của Hoa Kỳ vào Iraq năm 1990 và 2003. Sự can dự của quân đội Hoa Kỳ có thể rất lớn, như vậy ở Việt Nam và Hàn Quốc. Hoặc quân đội Hoa Kỳ có thể tấn công từ trên không, như đã xảy ra chống lại Iraq dưới thời Tổng thống Bill Clinton năm 1998 hoặc cuộc xâm lược của Lực lượng Đặc biệt vào Panama năm 1989. Hoa Kỳ có thể điều quân đến các tổ chức lớn hơn mà mình là thành viên, như NATO và Hoa Kỳ . Các quốc gia . Tất cả những hành động này đều có điểm chung là được ra lệnh bởi tổng thống Hoa Kỳ.
Hiến pháp chỉ trao cho Quốc hội quyền tuyên chiến; nó buộc hành pháp tiến hành cuộc chiến với tư cách là tổng tư lệnh. Nhưng trong lịch sử của Hoa Kỳ, Quốc hội đã chính thức tuyên chiến chỉ 11 lần - chống lại 10 quốc gia có liên quan đến năm cuộc xung đột khác nhau: Chiến tranh năm 1812 , Chiến tranh Mexico, Chiến tranh Tây Ban Nha-Mỹ và hai cuộc Thế chiến [nguồn : Hạ viện Hoa Kỳ ]. Tất cả các hành động quân sự khác của Hoa Kỳ do Hoa Kỳ thực hiện trong suốt lịch sử của mình đều theo lệnh của tổng thống. Giống như hầu hết các quyền lực khác, khả năng phát động và điều hành chiến tranh của tổng thống phát triển theo thời gian.
Có lẽ không có tổng thống nào khác xác định quyền hạn thời chiến của tổng thống như Abraham Lincoln đã làm. Năm 1861, trong khi Quốc hội tạm hoãn, ông kích hoạt quân đội, đưa quân đến các bang miền Nam, ra lệnh cho Hải quân phong tỏa cảng New Orleans và chiếm đoạt tiền từ Kho bạc. Lincoln cũng là người đầu tiên tuyên bố thiết quân luật (tạm thời tước bỏ quyền lực khỏi tòa án) và đình chỉ habeas corpus (quyền cho tù nhân kiến nghị về tính hợp pháp của án tù của mình).
Các hành động của Lincoln là rộng lớn và chưa từng có (và vi hiến). Nhưng như chúng ta đã biết, trong thời kỳ khủng hoảng, cơ quan hành pháp có nhiều quyền lực nhất. Quốc hội trong lịch sử đã đi cùng với các hành động thời chiến của tổng thống, ngay cả khi họ không đồng ý. Các chiến thuật trong bối cảnh chiến tranh, như đợt tăng quân trong Chiến tranh Iraq năm 2007 hay việc giam giữ người Mỹ gốc Nhật trong các trại thực tập trong Chiến tranh Thế giới thứ hai, thường không được Quốc hội ưa chuộng, nhưng cuối cùng đã được cơ quan lập pháp chấp thuận.
Các tổng thống theo gương Lincoln trong Nội chiến đã học cách kết thúc cuộc chạy đua quanh Quốc hội để tiến hành các cuộc chiến tranh. Thường thấy nhất là các mệnh lệnh hành pháp . Đây là những sắc lệnh do cơ quan hành pháp ban hành (không có đầu vào chính thức từ Quốc hội) có hiệu lực như luật đối với các cơ quan liên bang. Chúng có thể được sử dụng, trong số những thứ khác, để chỉ đạo quân đội hành động. Các mệnh lệnh hành pháp đã khiến Hoa Kỳ tham chiến ở Hàn Quốc và Việt Nam. Nếu không có sự chấp thuận của Quốc hội, về mặt kỹ thuật, chúng không phải là chiến tranh, đó là lý do tại sao Việt Nam và Hàn Quốc được coi là xung đột.
Ngôn ngữ được tìm thấy trong một số hiệp ước, như với NATO và Liên hợp quốc, cũng có thể được sử dụng bởi các tổng thống để tuyên chiến mà không cần sự chấp thuận của Quốc hội. Quyết định của Tổng thống George W. Bush tiến hành một cuộc tấn công vào Afghanistan được sự ủng hộ của các điều lệ của Liên hợp quốc và NATO, cả hai điều lệ mà Hoa Kỳ chính thức ràng buộc, cho phép trả đũa bởi một quốc gia bị tấn công.
Quân đội không phải là công cụ duy nhất cho sức mạnh chiến tranh của tổng thống. Các cơ quan tình báo và bí mật như CIA , Cơ quan An ninh Quốc gia (NSA) và Dịch vụ An ninh Trung ương đều có thể cung cấp cho tổng thống các lựa chọn bí mật, phi quân sự để đối phó với các mối đe dọa ở nước ngoài. Các cơ quan này cũng có thể cung cấp thông tin cho các quyết định liên quan đến chiến lược trong thời kỳ chiến tranh.
